MRevidence_analysis_06_03_23
Winfred Gatua
14/03/2023
DATA ANALYSIS FROM SQLITEDATABASE —————————————
Date:05/12/2022 ———————————————————
#set working directory
setwd("~/OneDrive - University of Bristol/Winfred_PhDApps/Streamlit_MRevidenceentryapp/")#install.packages('RSQLite')
#install.packages("forestly")
#devtools::install_github("elong0527/forestly")
library(RSQLite)
#library(dplyr)
library(ggplot2)
library(plotly)##
## Attaching package: 'plotly'## The following object is masked from 'package:ggplot2':
##
## last_plot## The following object is masked from 'package:stats':
##
## filter## The following object is masked from 'package:graphics':
##
## layoutlibrary(gridExtra)
library(tidyverse)## ── Attaching packages
## ───────────────────────────────────────
## tidyverse 1.3.2 ──## ✔ tibble 3.1.6 ✔ dplyr 1.1.0
## ✔ tidyr 1.3.0 ✔ stringr 1.5.0
## ✔ readr 2.1.2 ✔ forcats 0.5.1
## ✔ purrr 1.0.1## Warning: package 'readr' was built under R version 4.0.5## ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## ✖ dplyr::combine() masks gridExtra::combine()
## ✖ dplyr::filter() masks plotly::filter(), stats::filter()
## ✖ dplyr::lag() masks stats::lag()library(forestploter)##
## Attaching package: 'forestploter'
##
## The following object is masked from 'package:plotly':
##
## add_textlibrary(grid)con <- dbConnect(SQLite(),'Mr_EvidenceDB')
#list tables
dbListTables(con) #list down the tables## [1] "effectsizetype" "exposure" "methods" "outcome"
## [5] "results" "study"result <- tbl(con, 'results')
results <- data.frame(result)
#obtain some entries from results table
results <- dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM results')
results$pmid <- as.character(results$pmid)
results## results_id pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval
## 1 R1 33771188 M1 1.1200 1.080 1.1600
## 2 R2 33771188 M1 1.2100 1.180 1.2500
## 3 R3 23824655 M1 1.0400 1.012 1.0720
## 4 R4 23824655 M1 1.1260 1.114 1.1390
## 5 R5 33771188 M3 1.1100 1.050 1.1800
## 6 R6 33771188 M3 1.2300 1.130 1.3400
## 7 R7 33771188 M2 1.1100 1.070 1.1600
## 8 R8 33771188 M2 1.2300 1.170 1.2900
## 9 R9 23824653 M5 0.4900 0.187 0.7930
## 10 R10 23824655 M5 0.8920 0.475 1.3090
## 11 R11 26568383 M5 0.3050 0.130 0.4600
## 12 R12 26568383 M5 0.2900 0.100 0.4800
## 13 R13 26568383 M5 0.3850 -0.050 0.8300
## 14 R14 19470880 M5 3.8500 1.880 5.7900
## 15 R15 19470880 M5 1.7900 0.680 2.9000
## 16 R16 35074047 M2 2.2900 1.870 2.7800
## 17 R17 35694671 M2 1.4900 1.240 1.7900
## 18 R18 25712996 M5 0.1500 0.030 0.2600
## 19 R19 25712996 M5 0.1600 0.040 0.2800
## 20 R20 28678979 M5 1.6500 0.780 2.5200
## 21 R21 28678979 M5 1.3700 0.880 1.8500
## 22 R22 32712226 M5 1.1000 0.000 0.0000
## 23 R23 30462199 M1 0.1010 0.040 0.1600
## 24 R24 30462199 M4 0.0270 -0.090 0.1500
## 25 R25 30462199 M2 0.1470 0.080 0.2100
## 26 R26 30462199 M8 -0.0200 -0.320 0.2800
## 27 R27 35947639 M9 -0.3240 0.000 0.0000
## 28 R28 32636122 M5 15.5270 13.909 17.1440
## 29 R29 32636122 M5 7.2770 0.609 13.9460
## 30 R30 32636122 M5 7.4710 6.355 8.5880
## 31 R31 32636122 M5 3.2090 -0.365 6.0520
## 32 R32 25712996 M5 0.0700 -0.040 0.1800
## 33 R33 25712996 M5 0.1000 -0.010 0.2000
## 34 R34 25712996 M5 0.2300 0.060 0.4000
## 35 R35 25712996 M5 0.2100 0.040 0.3700
## 36 R36 25712996 M5 0.2100 0.090 0.3300
## 37 R37 25712996 M5 0.2100 0.120 0.3000
## 38 R38 25712996 M5 0.0100 -0.160 0.1800
## 39 R39 25712996 M5 0.0600 -0.140 0.2600
## 40 R40 28678979 M1 1.6400 1.480 1.8300
## 41 R41 30045251 M1 1.2500 0.000 0.0000
## 42 R42 30045251 M1 1.2600 0.000 0.0000
## 43 R43 31195408 M1 1.1000 1.070 1.1200
## 44 R44 31195408 M1 1.1200 1.040 1.2000
## 45 R45 31195408 M1 1.0800 0.990 1.1900
## 46 R46 33131310 M1 1.4200 1.370 1.4800
## 47 R47 33980691 M1 0.3400 0.210 0.5500
## 48 R48 33980691 M1 3.0300 2.180 4.2200
## 49 R49 35074047 M1 2.1800 1.800 2.6400
## 50 R50 35074047 M1 2.0100 1.790 2.2600
## 51 R51 35074047 M1 0.3400 0.180 0.5500
## 52 R52 35074047 M1 3.0300 2.180 4.2200
## 53 R53 35656995 M1 1.8900 1.370 2.6100
## 54 R54 35694671 M1 1.3900 1.210 1.5900
## 55 R55 35074047 M7 1.8200 1.450 2.2800
## 56 R56 35074047 M4 1.6000 1.080 2.3700
## 57 R57 33771188 M4 1.2100 1.130 1.3000
## 58 R58 33771188 M4 1.1400 1.040 1.2600
## 59 R59 35694671 M4 1.9500 1.350 2.8200
## 60 R60 28678979 M4 1.4490 1.189 1.9180
## 61 R61 28678979 M4 1.4130 1.157 1.8940
## 62 R62 34001814 M1 1.0080 1.004 1.0116
## 63 R63 34001814 M2 1.0090 1.007 1.0120
## 64 R64 34001814 M1 1.0050 1.002 1.0080
## 65 R65 34001814 M2 1.0070 1.004 1.0100
## 66 R66 35599089 M10 14.3740 0.000 0.0000
## 67 R67 35599089 M10 6.9940 0.000 0.0000
## 68 R68 35599089 M10 11.4600 0.000 0.0000
## 69 R69 35599089 M10 7.8690 0.000 0.0000
## 70 R70 35599089 M10 2.2350 0.000 0.0000
## 71 R71 35599089 M10 7.9080 0.000 0.0000
## 72 R72 34002035 M1 1.3400 1.240 1.4500
## 73 R73 34002035 M1 1.4000 1.250 1.5800
## 74 R74 34120448 M10 1.5100 1.200 1.8800
## 75 R75 34120448 M10 1.3400 1.030 1.7400
## 76 R76 34120448 M10 2.4600 1.460 4.1400
## 77 R77 34120448 M10 1.0700 0.580 1.9800
## 78 R78 34120448 M10 1.4600 0.710 2.9900
## 79 R79 34120448 M10 0.4800 0.210 1.1100
## 80 R80 24462370 M10 0.7300 0.240 1.2100
## 81 R81 24462370 M10 0.2900 0.020 0.5500
## 82 R82 31501611 M1 2.6100 2.140 3.1900
## 83 R83 31501611 M1 1.8600 1.650 2.1000
## 84 R84 31501611 M10 3.5100 2.710 4.5400
## 85 R85 31501611 M10 2.0000 1.750 2.2800
## 86 R86 32665587 M1 0.8300 -0.110 1.7700
## 87 R87 32665587 M1 0.7600 -0.190 1.7000
## 88 R88 35232963 M10 0.1450 0.116 0.1730
## 89 R89 34465205 M1 1.7700 1.530 2.0400
## 90 R90 33323262 M1 1.5500 1.370 1.7600
## 91 R91 33323262 M2 1.4000 1.260 1.5600
## 92 R92 33323262 M3 1.4300 1.260 1.6200
## 93 R93 33323262 M4 1.1000 0.820 1.4900
## 94 R94 33323262 M11 1.5500 1.420 1.6900
## 95 R95 29935421 M1 4.1720 1.928 6.6800
## 96 R96 25411050 M5 10.4300 4.820 16.0400
## 97 R97 25411050 M5 2.9700 -0.080 6.0300
## 98 R98 34333589 M1 1.1000 1.080 1.1300
## 99 R99 34333589 M1 1.6400 1.470 1.8200
## 100 R100 28317167 M10 0.5270 0.363 0.6910
## 101 R101 28317167 M10 0.4330 0.338 0.5280
## 102 R102 35186940 M1 0.9230 0.508 1.6750
## 103 R103 35186940 M2 1.4420 0.886 2.3490
## 104 R104 35186940 M4 0.1770 0.028 1.1290
## 105 R105 35186940 M12 2.0420 1.439 3.3670
## 106 R106 35186940 M1 0.8530 0.582 1.2500
## 107 R107 35186940 M2 0.8490 0.647 1.1130
## 108 R108 35186940 M4 0.1420 0.044 0.4570
## 109 R109 35186940 M12 1.5860 1.235 1.9180
## 110 R110 34322150 M13 0.0080 0.000 0.0000
## 111 R111 34322150 M14 0.1040 0.000 0.0000
## 112 R112 34322150 M4 0.0149 0.000 0.0000
## 113 R113 34322150 M15 0.0136 0.000 0.0000
## 114 R114 34322150 M16 0.0143 0.000 0.0000
## 115 R115 34322150 M17 0.0163 0.000 0.0000
## 116 R116 34322150 M18 0.0163 0.000 0.0000
## pvalue exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error
## 1 6.260e-11 E4 O5 ID1 NA
## 2 4.380e-35 E5 O5 ID1 NA
## 3 5.500e-03 E2 O1 ID1 NA
## 4 2.500e-100 E2 O2 ID1 NA
## 5 1.320e-02 E4 O5 ID1 NA
## 6 1.480e-05 E5 O5 ID1 NA
## 7 8.180e-07 E4 O5 ID1 NA
## 8 9.330e-18 E5 O5 ID1 NA
## 9 2.000e-03 E2 O7 ID4 NA
## 10 2.500e-05 E2 O6 ID4 NA
## 11 -2.000e-02 E1 O6 ID2 NA
## 12 2.000e-03 E1 O6 ID2 NA
## 13 8.600e-02 E1 O6 ID2 NA
## 14 2.000e-04 E1 O6 ID2 NA
## 15 2.000e-03 E1 O7 ID2 NA
## 16 2.000e-15 E1 O3 ID1 NA
## 17 2.450e-05 E10 O4 ID1 NA
## 18 1.000e-02 E2 O7 ID4 NA
## 19 1.000e-02 E2 O6 ID4 NA
## 20 2.000e-04 E13 O6 ID4 NA
## 21 3.600e-08 E13 O7 ID4 NA
## 22 4.000e-03 E1 O8 ID4 0.4000
## 23 1.000e-03 E1 O6 ID4 0.0310
## 24 6.580e-01 E1 O6 ID4 0.0620
## 25 1.000e-03 E1 O6 ID4 0.0320
## 26 3.250e-01 E1 O6 ID4 0.1540
## 27 1.000e-03 E1 O7 ID4 0.0000
## 28 5.660e-79 E1 O6 ID4 0.0000
## 29 3.200e-02 E3 O6 ID4 0.0000
## 30 2.730e-39 E1 O7 ID4 0.0000
## 31 5.300e-02 E3 O7 ID4 0.0000
## 32 2.400e-01 E2 O7 ID4 0.0000
## 33 6.000e-02 E2 O6 ID4 0.0000
## 34 0.000e+00 E2 O7 ID4 0.0000
## 35 0.000e+00 E2 O6 ID4 0.0000
## 36 8.000e-04 E2 O7 ID4 0.0000
## 37 2.500e-06 E2 O6 ID4 0.0000
## 38 9.300e-01 E2 O7 ID4 0.0000
## 39 5.600e-01 E2 O6 ID4 0.0000
## 40 1.100e-19 E1 O3 ID1 0.0000
## 41 2.500e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 42 2.700e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 43 3.400e-16 E1 O11 ID1 0.0000
## 44 1.500e-03 E6 O11 ID1 0.0000
## 45 9.000e-02 E7 O11 ID1 0.0000
## 46 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 47 1.000e-05 E8 O3 ID1 0.0000
## 48 5.000e-11 E9 O3 ID1 0.0000
## 49 2.000e-11 E1 O3 ID1 0.0000
## 50 6.000e-29 E11 O3 ID1 0.0000
## 51 1.000e-04 E8 O3 ID1 0.0000
## 52 2.000e-07 E9 O3 ID1 0.0000
## 53 0.000e+00 E1 O10 ID1 0.0000
## 54 2.460e-06 E10 O4 ID1 0.0000
## 55 2.000e-07 E1 O3 ID1 0.0000
## 56 2.200e-02 E1 O3 ID1 -0.0300
## 57 2.890e-03 E4 O5 ID1 -0.0500
## 58 8.200e-03 E5 O5 ID1 0.0000
## 59 3.840e-03 E10 O4 ID1 0.0000
## 60 1.000e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 61 2.000e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 62 1.000e-03 E4 O5 ID1 0.0000
## 63 1.020e-10 E4 O5 ID1 0.0000
## 64 1.000e-03 E4 O5 ID1 0.0000
## 65 5.650e-07 E4 O5 ID1 0.0000
## 66 4.230e-158 E1 O6 ID4 0.5070
## 67 9.370e-18 E14 O6 ID4 0.8100
## 68 1.490e-50 E11 O6 ID4 0.7530
## 69 2.170e-87 E1 O7 ID4 0.3850
## 70 1.580e-04 E14 O7 ID4 0.5910
## 71 3.870e-46 E11 O7 ID4 0.5460
## 72 0.000e+00 E1 O6 ID1 0.0000
## 73 0.000e+00 E3 O6 ID1 0.0000
## 74 3.000e-03 E1 O2 ID1 0.0000
## 75 2.900e-02 E1 O1 ID1 0.0000
## 76 1.000e-03 E3 O2 ID1 0.0000
## 77 8.200e-01 E3 O1 ID1 0.0000
## 78 2.740e-01 E11 O2 ID1 0.0000
## 79 7.900e-02 E11 O1 ID1 0.0000
## 80 3.300e-03 E1 O6 ID4 0.0000
## 81 3.300e-02 E1 O7 ID4 0.0000
## 82 -4.000e-02 E15 O3 ID1 0.0000
## 83 1.400e-24 E15 O3 ID1 0.0000
## 84 2.500e-21 E15 O3 ID1 0.0000
## 85 4.500e-24 E15 O3 ID1 0.0000
## 86 8.250e-02 E1 O3 ID5 0.0000
## 87 1.170e-01 E1 O3 ID5 0.0000
## 88 4.200e-22 E1 O7 ID5 0.0000
## 89 6.300e-15 E4 O3 ID1 0.0000
## 90 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 91 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 92 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 93 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 94 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 95 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 96 0.000e+00 E1 O6 ID2 0.0000
## 97 0.000e+00 E1 O7 ID2 0.0000
## 98 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 99 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 100 0.000e+00 E1 O6 ID4 0.0000
## 101 1.000e-10 E1 O7 ID4 0.0000
## 102 7.500e-01 E15 O6 ID1 0.0000
## 103 1.400e-01 E15 O6 ID1 0.0000
## 104 6.800e-02 E15 O1 ID1 0.0000
## 105 1.900e-04 E15 O6 ID1 0.0000
## 106 4.200e-01 E15 O7 ID1 0.0000
## 107 2.400e-01 E15 O7 ID1 0.0000
## 108 1.200e-03 E15 O7 ID1 0.0000
## 109 1.100e-03 E15 O7 ID1 0.0000
## 110 1.162e-01 E1 O6 ID4 0.0051
## 111 4.200e-03 E1 O6 ID4 0.0036
## 112 1.301e-01 E1 O6 ID4 0.0098
## 113 2.280e-01 E1 O6 ID4 0.0110
## 114 1.330e-01 E1 O6 ID4 0.0091
## 115 2.440e-02 E1 O6 ID4 0.0067
## 116 2.480e-02 E1 O6 ID4 0.0067
## strata
## 1 <NA>
## 2 <NA>
## 3 <NA>
## 4 <NA>
## 5 <NA>
## 6 <NA>
## 7 <NA>
## 8 <NA>
## 9 <NA>
## 10 <NA>
## 11 <NA>
## 12 <NA>
## 13 <NA>
## 14 <NA>
## 15 <NA>
## 16 <NA>
## 17 <NA>
## 18 <NA>
## 19 <NA>
## 20 <NA>
## 21 <NA>
## 22 <NA>
## 23 <NA>
## 24 <NA>
## 25 <NA>
## 26 <NA>
## 27 <NA>
## 28 <NA>
## 29 <NA>
## 30 <NA>
## 31 <NA>
## 32 women
## 33 women
## 34 men
## 35 men
## 36 less than 55years
## 37 less than 55 years
## 38 more than 55 years
## 39 more than 55 years
## 40
## 41
## 42
## 43
## 44
## 45
## 46
## 47
## 48
## 49
## 50
## 51
## 52
## 53
## 54
## 55
## 56
## 57
## 58
## 59
## 60
## 61
## 62
## 63
## 64
## 65
## 66
## 67
## 68
## 69
## 70
## 71
## 72
## 73
## 74
## 75
## 76
## 77
## 78
## 79
## 80
## 81
## 82 females
## 83 Males
## 84 Females
## 85 Males
## 86 siblings
## 87
## 88
## 89
## 90
## 91
## 92
## 93
## 94
## 95
## 96
## 97
## 98
## 99
## 100
## 101
## 102
## 103
## 104
## 105
## 106
## 107
## 108
## 109
## 110
## 111
## 112
## 113
## 114
## 115
## 116#exposure
exposure <- tbl(con, 'exposure')
exposure <- data.frame(exposure)
colnames(exposure) <- c("exposurename","exposureid")
exposure## exposurename exposureid
## 1 BMI E1
## 2 Adiposity E2
## 3 WHR E3
## 4 childhoodBMI E4
## 5 adultBMI E5
## 6 fatmassindex E6
## 7 fatfreemassindex E7
## 8 FA E8
## 9 UFA E9
## 10 obesity E10
## 11 bodyfat% E11
## 12 BMIWGRS E12
## 13 BMIGRS E13
## 14 WHtR E14
## 15 VAT E15#outcome
outcome <- tbl(con, 'outcome')
outcome <- data.frame(outcome)
colnames(outcome) <- c("outcomename","outcomeid") #rename the columns
outcome## outcomename outcomeid
## 1 incident hypertension O1
## 2 ever hypertension O2
## 3 hypertension O3
## 4 gestational hypertension O4
## 5 essential hypertension O5
## 6 SBP O6
## 7 DBP O7
## 8 PAP O8
## 9 PVremodelling O9
## 10 Grade1diastolicdysfunction O10
## 11 arterial hypertension O11#merging two dataframes results and exposure
results_exposure <- merge(results, exposure,by.x = "exposureid",by.y = "exposureid")
#merge the above dataframe and outcome
results_exposure_outcome <- merge(results_exposure,outcome, by.x = "outcomeid",by.y = "outcomeid")
results_exposure_outcome## outcomeid exposureid results_id pmid methodid effectsize lowerinterval
## 1 O1 E15 R104 35186940 M4 0.1770 0.028
## 2 O1 E1 R75 34120448 M10 1.3400 1.030
## 3 O1 E3 R77 34120448 M10 1.0700 0.580
## 4 O1 E2 R3 23824655 M1 1.0400 1.012
## 5 O1 E11 R79 34120448 M10 0.4800 0.210
## 6 O10 E1 R53 35656995 M1 1.8900 1.370
## 7 O11 E7 R45 31195408 M1 1.0800 0.990
## 8 O11 E6 R44 31195408 M1 1.1200 1.040
## 9 O11 E1 R43 31195408 M1 1.1000 1.070
## 10 O2 E1 R74 34120448 M10 1.5100 1.200
## 11 O2 E2 R4 23824655 M1 1.1260 1.114
## 12 O2 E11 R78 34120448 M10 1.4600 0.710
## 13 O2 E3 R76 34120448 M10 2.4600 1.460
## 14 O3 E1 R91 33323262 M2 1.4000 1.260
## 15 O3 E1 R16 35074047 M2 2.2900 1.870
## 16 O3 E1 R56 35074047 M4 1.6000 1.080
## 17 O3 E1 R95 29935421 M1 4.1720 1.928
## 18 O3 E1 R49 35074047 M1 2.1800 1.800
## 19 O3 E1 R94 33323262 M11 1.5500 1.420
## 20 O3 E15 R82 31501611 M1 2.6100 2.140
## 21 O3 E15 R83 31501611 M1 1.8600 1.650
## 22 O3 E1 R40 28678979 M1 1.6400 1.480
## 23 O3 E1 R46 33131310 M1 1.4200 1.370
## 24 O3 E1 R98 34333589 M1 1.1000 1.080
## 25 O3 E1 R86 32665587 M1 0.8300 -0.110
## 26 O3 E15 R85 31501611 M10 2.0000 1.750
## 27 O3 E1 R92 33323262 M3 1.4300 1.260
## 28 O3 E1 R55 35074047 M7 1.8200 1.450
## 29 O3 E1 R90 33323262 M1 1.5500 1.370
## 30 O3 E13 R61 28678979 M4 1.4130 1.157
## 31 O3 E9 R52 35074047 M1 3.0300 2.180
## 32 O3 E1 R93 33323262 M4 1.1000 0.820
## 33 O3 E11 R50 35074047 M1 2.0100 1.790
## 34 O3 E1 R99 34333589 M1 1.6400 1.470
## 35 O3 E13 R42 30045251 M1 1.2600 0.000
## 36 O3 E13 R60 28678979 M4 1.4490 1.189
## 37 O3 E13 R41 30045251 M1 1.2500 0.000
## 38 O3 E15 R84 31501611 M10 3.5100 2.710
## 39 O3 E9 R48 33980691 M1 3.0300 2.180
## 40 O3 E1 R87 32665587 M1 0.7600 -0.190
## 41 O3 E4 R89 34465205 M1 1.7700 1.530
## 42 O3 E8 R47 33980691 M1 0.3400 0.210
## 43 O3 E8 R51 35074047 M1 0.3400 0.180
## 44 O4 E10 R17 35694671 M2 1.4900 1.240
## 45 O4 E10 R59 35694671 M4 1.9500 1.350
## 46 O4 E10 R54 35694671 M1 1.3900 1.210
## 47 O5 E4 R63 34001814 M2 1.0090 1.007
## 48 O5 E4 R65 34001814 M2 1.0070 1.004
## 49 O5 E5 R2 33771188 M1 1.2100 1.180
## 50 O5 E5 R58 33771188 M4 1.1400 1.040
## 51 O5 E5 R8 33771188 M2 1.2300 1.170
## 52 O5 E5 R6 33771188 M3 1.2300 1.130
## 53 O5 E4 R1 33771188 M1 1.1200 1.080
## 54 O5 E4 R62 34001814 M1 1.0080 1.004
## 55 O5 E4 R7 33771188 M2 1.1100 1.070
## 56 O5 E4 R64 34001814 M1 1.0050 1.002
## 57 O5 E4 R5 33771188 M3 1.1100 1.050
## 58 O5 E4 R57 33771188 M4 1.2100 1.130
## 59 O6 E1 R14 19470880 M5 3.8500 1.880
## 60 O6 E1 R111 34322150 M14 0.1040 0.000
## 61 O6 E1 R116 34322150 M18 0.0163 0.000
## 62 O6 E1 R96 25411050 M5 10.4300 4.820
## 63 O6 E1 R80 24462370 M10 0.7300 0.240
## 64 O6 E1 R72 34002035 M1 1.3400 1.240
## 65 O6 E1 R112 34322150 M4 0.0149 0.000
## 66 O6 E1 R114 34322150 M16 0.0143 0.000
## 67 O6 E1 R28 32636122 M5 15.5270 13.909
## 68 O6 E1 R11 26568383 M5 0.3050 0.130
## 69 O6 E1 R12 26568383 M5 0.2900 0.100
## 70 O6 E1 R13 26568383 M5 0.3850 -0.050
## 71 O6 E1 R66 35599089 M10 14.3740 0.000
## 72 O6 E1 R110 34322150 M13 0.0080 0.000
## 73 O6 E1 R115 34322150 M17 0.0163 0.000
## 74 O6 E3 R73 34002035 M1 1.4000 1.250
## 75 O6 E1 R100 28317167 M10 0.5270 0.363
## 76 O6 E11 R68 35599089 M10 11.4600 0.000
## 77 O6 E1 R24 30462199 M4 0.0270 -0.090
## 78 O6 E2 R33 25712996 M5 0.1000 -0.010
## 79 O6 E1 R26 30462199 M8 -0.0200 -0.320
## 80 O6 E1 R23 30462199 M1 0.1010 0.040
## 81 O6 E14 R67 35599089 M10 6.9940 0.000
## 82 O6 E1 R25 30462199 M2 0.1470 0.080
## 83 O6 E1 R113 34322150 M15 0.0136 0.000
## 84 O6 E15 R103 35186940 M2 1.4420 0.886
## 85 O6 E2 R35 25712996 M5 0.2100 0.040
## 86 O6 E15 R105 35186940 M12 2.0420 1.439
## 87 O6 E2 R10 23824655 M5 0.8920 0.475
## 88 O6 E3 R29 32636122 M5 7.2770 0.609
## 89 O6 E2 R39 25712996 M5 0.0600 -0.140
## 90 O6 E15 R102 35186940 M1 0.9230 0.508
## 91 O6 E2 R37 25712996 M5 0.2100 0.120
## 92 O6 E13 R20 28678979 M5 1.6500 0.780
## 93 O6 E2 R19 25712996 M5 0.1600 0.040
## 94 O7 E1 R81 24462370 M10 0.2900 0.020
## 95 O7 E13 R21 28678979 M5 1.3700 0.880
## 96 O7 E1 R88 35232963 M10 0.1450 0.116
## 97 O7 E1 R69 35599089 M10 7.8690 0.000
## 98 O7 E2 R9 23824653 M5 0.4900 0.187
## 99 O7 E1 R101 28317167 M10 0.4330 0.338
## 100 O7 E2 R38 25712996 M5 0.0100 -0.160
## 101 O7 E1 R15 19470880 M5 1.7900 0.680
## 102 O7 E1 R97 25411050 M5 2.9700 -0.080
## 103 O7 E3 R31 32636122 M5 3.2090 -0.365
## 104 O7 E15 R106 35186940 M1 0.8530 0.582
## 105 O7 E14 R70 35599089 M10 2.2350 0.000
## 106 O7 E15 R108 35186940 M4 0.1420 0.044
## 107 O7 E15 R109 35186940 M12 1.5860 1.235
## 108 O7 E1 R30 32636122 M5 7.4710 6.355
## 109 O7 E1 R27 35947639 M9 -0.3240 0.000
## 110 O7 E2 R36 25712996 M5 0.2100 0.090
## 111 O7 E2 R32 25712996 M5 0.0700 -0.040
## 112 O7 E2 R18 25712996 M5 0.1500 0.030
## 113 O7 E11 R71 35599089 M10 7.9080 0.000
## 114 O7 E15 R107 35186940 M2 0.8490 0.647
## 115 O7 E2 R34 25712996 M5 0.2300 0.060
## 116 O8 E1 R22 32712226 M5 1.1000 0.000
## upperinterval pvalue effectsizetype_id standard_error
## 1 1.1290 6.800e-02 ID1 0.0000
## 2 1.7400 2.900e-02 ID1 0.0000
## 3 1.9800 8.200e-01 ID1 0.0000
## 4 1.0720 5.500e-03 ID1 NA
## 5 1.1100 7.900e-02 ID1 0.0000
## 6 2.6100 0.000e+00 ID1 0.0000
## 7 1.1900 9.000e-02 ID1 0.0000
## 8 1.2000 1.500e-03 ID1 0.0000
## 9 1.1200 3.400e-16 ID1 0.0000
## 10 1.8800 3.000e-03 ID1 0.0000
## 11 1.1390 2.500e-100 ID1 NA
## 12 2.9900 2.740e-01 ID1 0.0000
## 13 4.1400 1.000e-03 ID1 0.0000
## 14 1.5600 0.000e+00 ID1 0.0000
## 15 2.7800 2.000e-15 ID1 NA
## 16 2.3700 2.200e-02 ID1 -0.0300
## 17 6.6800 0.000e+00 ID1 0.0000
## 18 2.6400 2.000e-11 ID1 0.0000
## 19 1.6900 0.000e+00 ID1 0.0000
## 20 3.1900 -4.000e-02 ID1 0.0000
## 21 2.1000 1.400e-24 ID1 0.0000
## 22 1.8300 1.100e-19 ID1 0.0000
## 23 1.4800 0.000e+00 ID1 0.0000
## 24 1.1300 0.000e+00 ID1 0.0000
## 25 1.7700 8.250e-02 ID5 0.0000
## 26 2.2800 4.500e-24 ID1 0.0000
## 27 1.6200 0.000e+00 ID1 0.0000
## 28 2.2800 2.000e-07 ID1 0.0000
## 29 1.7600 0.000e+00 ID1 0.0000
## 30 1.8940 2.000e-02 ID1 0.0000
## 31 4.2200 2.000e-07 ID1 0.0000
## 32 1.4900 0.000e+00 ID1 0.0000
## 33 2.2600 6.000e-29 ID1 0.0000
## 34 1.8200 0.000e+00 ID1 0.0000
## 35 0.0000 2.700e-02 ID1 0.0000
## 36 1.9180 1.000e-02 ID1 0.0000
## 37 0.0000 2.500e-02 ID1 0.0000
## 38 4.5400 2.500e-21 ID1 0.0000
## 39 4.2200 5.000e-11 ID1 0.0000
## 40 1.7000 1.170e-01 ID5 0.0000
## 41 2.0400 6.300e-15 ID1 0.0000
## 42 0.5500 1.000e-05 ID1 0.0000
## 43 0.5500 1.000e-04 ID1 0.0000
## 44 1.7900 2.450e-05 ID1 NA
## 45 2.8200 3.840e-03 ID1 0.0000
## 46 1.5900 2.460e-06 ID1 0.0000
## 47 1.0120 1.020e-10 ID1 0.0000
## 48 1.0100 5.650e-07 ID1 0.0000
## 49 1.2500 4.380e-35 ID1 NA
## 50 1.2600 8.200e-03 ID1 0.0000
## 51 1.2900 9.330e-18 ID1 NA
## 52 1.3400 1.480e-05 ID1 NA
## 53 1.1600 6.260e-11 ID1 NA
## 54 1.0116 1.000e-03 ID1 0.0000
## 55 1.1600 8.180e-07 ID1 NA
## 56 1.0080 1.000e-03 ID1 0.0000
## 57 1.1800 1.320e-02 ID1 NA
## 58 1.3000 2.890e-03 ID1 -0.0500
## 59 5.7900 2.000e-04 ID2 NA
## 60 0.0000 4.200e-03 ID4 0.0036
## 61 0.0000 2.480e-02 ID4 0.0067
## 62 16.0400 0.000e+00 ID2 0.0000
## 63 1.2100 3.300e-03 ID4 0.0000
## 64 1.4500 0.000e+00 ID1 0.0000
## 65 0.0000 1.301e-01 ID4 0.0098
## 66 0.0000 1.330e-01 ID4 0.0091
## 67 17.1440 5.660e-79 ID4 0.0000
## 68 0.4600 -2.000e-02 ID2 NA
## 69 0.4800 2.000e-03 ID2 NA
## 70 0.8300 8.600e-02 ID2 NA
## 71 0.0000 4.230e-158 ID4 0.5070
## 72 0.0000 1.162e-01 ID4 0.0051
## 73 0.0000 2.440e-02 ID4 0.0067
## 74 1.5800 0.000e+00 ID1 0.0000
## 75 0.6910 0.000e+00 ID4 0.0000
## 76 0.0000 1.490e-50 ID4 0.7530
## 77 0.1500 6.580e-01 ID4 0.0620
## 78 0.2000 6.000e-02 ID4 0.0000
## 79 0.2800 3.250e-01 ID4 0.1540
## 80 0.1600 1.000e-03 ID4 0.0310
## 81 0.0000 9.370e-18 ID4 0.8100
## 82 0.2100 1.000e-03 ID4 0.0320
## 83 0.0000 2.280e-01 ID4 0.0110
## 84 2.3490 1.400e-01 ID1 0.0000
## 85 0.3700 0.000e+00 ID4 0.0000
## 86 3.3670 1.900e-04 ID1 0.0000
## 87 1.3090 2.500e-05 ID4 NA
## 88 13.9460 3.200e-02 ID4 0.0000
## 89 0.2600 5.600e-01 ID4 0.0000
## 90 1.6750 7.500e-01 ID1 0.0000
## 91 0.3000 2.500e-06 ID4 0.0000
## 92 2.5200 2.000e-04 ID4 NA
## 93 0.2800 1.000e-02 ID4 NA
## 94 0.5500 3.300e-02 ID4 0.0000
## 95 1.8500 3.600e-08 ID4 NA
## 96 0.1730 4.200e-22 ID5 0.0000
## 97 0.0000 2.170e-87 ID4 0.3850
## 98 0.7930 2.000e-03 ID4 NA
## 99 0.5280 1.000e-10 ID4 0.0000
## 100 0.1800 9.300e-01 ID4 0.0000
## 101 2.9000 2.000e-03 ID2 NA
## 102 6.0300 0.000e+00 ID2 0.0000
## 103 6.0520 5.300e-02 ID4 0.0000
## 104 1.2500 4.200e-01 ID1 0.0000
## 105 0.0000 1.580e-04 ID4 0.5910
## 106 0.4570 1.200e-03 ID1 0.0000
## 107 1.9180 1.100e-03 ID1 0.0000
## 108 8.5880 2.730e-39 ID4 0.0000
## 109 0.0000 1.000e-03 ID4 0.0000
## 110 0.3300 8.000e-04 ID4 0.0000
## 111 0.1800 2.400e-01 ID4 0.0000
## 112 0.2600 1.000e-02 ID4 NA
## 113 0.0000 3.870e-46 ID4 0.5460
## 114 1.1130 2.400e-01 ID1 0.0000
## 115 0.4000 0.000e+00 ID4 0.0000
## 116 0.0000 4.000e-03 ID4 0.4000
## strata exposurename outcomename
## 1 VAT incident hypertension
## 2 BMI incident hypertension
## 3 WHR incident hypertension
## 4 <NA> Adiposity incident hypertension
## 5 bodyfat% incident hypertension
## 6 BMI Grade1diastolicdysfunction
## 7 fatfreemassindex arterial hypertension
## 8 fatmassindex arterial hypertension
## 9 BMI arterial hypertension
## 10 BMI ever hypertension
## 11 <NA> Adiposity ever hypertension
## 12 bodyfat% ever hypertension
## 13 WHR ever hypertension
## 14 BMI hypertension
## 15 <NA> BMI hypertension
## 16 BMI hypertension
## 17 BMI hypertension
## 18 BMI hypertension
## 19 BMI hypertension
## 20 females VAT hypertension
## 21 Males VAT hypertension
## 22 BMI hypertension
## 23 BMI hypertension
## 24 BMI hypertension
## 25 siblings BMI hypertension
## 26 Males VAT hypertension
## 27 BMI hypertension
## 28 BMI hypertension
## 29 BMI hypertension
## 30 BMIGRS hypertension
## 31 UFA hypertension
## 32 BMI hypertension
## 33 bodyfat% hypertension
## 34 BMI hypertension
## 35 BMIGRS hypertension
## 36 BMIGRS hypertension
## 37 BMIGRS hypertension
## 38 Females VAT hypertension
## 39 UFA hypertension
## 40 BMI hypertension
## 41 childhoodBMI hypertension
## 42 FA hypertension
## 43 FA hypertension
## 44 <NA> obesity gestational hypertension
## 45 obesity gestational hypertension
## 46 obesity gestational hypertension
## 47 childhoodBMI essential hypertension
## 48 childhoodBMI essential hypertension
## 49 <NA> adultBMI essential hypertension
## 50 adultBMI essential hypertension
## 51 <NA> adultBMI essential hypertension
## 52 <NA> adultBMI essential hypertension
## 53 <NA> childhoodBMI essential hypertension
## 54 childhoodBMI essential hypertension
## 55 <NA> childhoodBMI essential hypertension
## 56 childhoodBMI essential hypertension
## 57 <NA> childhoodBMI essential hypertension
## 58 childhoodBMI essential hypertension
## 59 <NA> BMI SBP
## 60 BMI SBP
## 61 BMI SBP
## 62 BMI SBP
## 63 BMI SBP
## 64 BMI SBP
## 65 BMI SBP
## 66 BMI SBP
## 67 <NA> BMI SBP
## 68 <NA> BMI SBP
## 69 <NA> BMI SBP
## 70 <NA> BMI SBP
## 71 BMI SBP
## 72 BMI SBP
## 73 BMI SBP
## 74 WHR SBP
## 75 BMI SBP
## 76 bodyfat% SBP
## 77 <NA> BMI SBP
## 78 women Adiposity SBP
## 79 <NA> BMI SBP
## 80 <NA> BMI SBP
## 81 WHtR SBP
## 82 <NA> BMI SBP
## 83 BMI SBP
## 84 VAT SBP
## 85 men Adiposity SBP
## 86 VAT SBP
## 87 <NA> Adiposity SBP
## 88 <NA> WHR SBP
## 89 more than 55 years Adiposity SBP
## 90 VAT SBP
## 91 less than 55 years Adiposity SBP
## 92 <NA> BMIGRS SBP
## 93 <NA> Adiposity SBP
## 94 BMI DBP
## 95 <NA> BMIGRS DBP
## 96 BMI DBP
## 97 BMI DBP
## 98 <NA> Adiposity DBP
## 99 BMI DBP
## 100 more than 55 years Adiposity DBP
## 101 <NA> BMI DBP
## 102 BMI DBP
## 103 <NA> WHR DBP
## 104 VAT DBP
## 105 WHtR DBP
## 106 VAT DBP
## 107 VAT DBP
## 108 <NA> BMI DBP
## 109 <NA> BMI DBP
## 110 less than 55years Adiposity DBP
## 111 women Adiposity DBP
## 112 <NA> Adiposity DBP
## 113 bodyfat% DBP
## 114 VAT DBP
## 115 men Adiposity DBP
## 116 <NA> BMI PAP#odds ratio (ID1)
p1 <- results %>%
group_by(pmid) %>%
filter(effectsizetype_id=="ID1") %>%
ggplot(aes(y=fct_rev(as.character(pmid)),x=effectsize,xmin=lowerinterval,xmax=upperinterval)) +
geom_point(aes(color=methodid)) +
geom_errorbarh(height=.1) +
labs(title='Effect Size by study', x='Odds Ratio', y = 'Study_PMID') +
geom_vline(xintercept=1, color='black', linetype='dashed', alpha=.5) +
facet_wrap(vars(pmid))+
theme_classic()
ggplotly(p1)## Warning: `gather_()` was deprecated in tidyr 1.2.0.
## ℹ Please use `gather()` instead.
## ℹ The deprecated feature was likely used in the plotly package.
## Please report the issue at <https://github.com/plotly/plotly.R/issues>.#mean difference(ID2)
class(results$pmid)## [1] "character"P2 <- results_exposure_outcome %>%
filter(effectsizetype_id=="ID2") %>%
ggplot(aes(y=pmid,x=effectsize,xmin=lowerinterval,xmax=upperinterval)) +
geom_point(aes(color=pmid)) +
geom_errorbarh(height=.1) +
labs(title='Effect Size by results', x='Mean difference', y = 'PMID') +
geom_vline(xintercept=0, color='black', linetype='dashed', alpha=.5) +
theme_classic()
P2+facet_grid(outcomeid ~ exposureid)
#ggplotly(P2)#A plot showing odds ratios filtered by outcome
P3 <- results_exposure_outcome %>%
filter(effectsizetype_id=="ID1") %>%
ggplot(aes(y=pmid,x=effectsize,xmin=lowerinterval,xmax=upperinterval)) +
geom_point(aes(color=exposurename)) +
geom_errorbarh(height=.2) +
labs(title='Effect Size by results', x='Odds ratio', y = 'PMID') +
geom_vline(xintercept=1, color='black', linetype='dashed', alpha=.5) +
theme_classic()
P3+facet_grid(outcomename ~ exposurename)
#ggplotly(P3)# Make forest plot using forestploter -------------------------------------
dt <- dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM results')
dt## results_id pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval
## 1 R1 33771188 M1 1.1200 1.080 1.1600
## 2 R2 33771188 M1 1.2100 1.180 1.2500
## 3 R3 23824655 M1 1.0400 1.012 1.0720
## 4 R4 23824655 M1 1.1260 1.114 1.1390
## 5 R5 33771188 M3 1.1100 1.050 1.1800
## 6 R6 33771188 M3 1.2300 1.130 1.3400
## 7 R7 33771188 M2 1.1100 1.070 1.1600
## 8 R8 33771188 M2 1.2300 1.170 1.2900
## 9 R9 23824653 M5 0.4900 0.187 0.7930
## 10 R10 23824655 M5 0.8920 0.475 1.3090
## 11 R11 26568383 M5 0.3050 0.130 0.4600
## 12 R12 26568383 M5 0.2900 0.100 0.4800
## 13 R13 26568383 M5 0.3850 -0.050 0.8300
## 14 R14 19470880 M5 3.8500 1.880 5.7900
## 15 R15 19470880 M5 1.7900 0.680 2.9000
## 16 R16 35074047 M2 2.2900 1.870 2.7800
## 17 R17 35694671 M2 1.4900 1.240 1.7900
## 18 R18 25712996 M5 0.1500 0.030 0.2600
## 19 R19 25712996 M5 0.1600 0.040 0.2800
## 20 R20 28678979 M5 1.6500 0.780 2.5200
## 21 R21 28678979 M5 1.3700 0.880 1.8500
## 22 R22 32712226 M5 1.1000 0.000 0.0000
## 23 R23 30462199 M1 0.1010 0.040 0.1600
## 24 R24 30462199 M4 0.0270 -0.090 0.1500
## 25 R25 30462199 M2 0.1470 0.080 0.2100
## 26 R26 30462199 M8 -0.0200 -0.320 0.2800
## 27 R27 35947639 M9 -0.3240 0.000 0.0000
## 28 R28 32636122 M5 15.5270 13.909 17.1440
## 29 R29 32636122 M5 7.2770 0.609 13.9460
## 30 R30 32636122 M5 7.4710 6.355 8.5880
## 31 R31 32636122 M5 3.2090 -0.365 6.0520
## 32 R32 25712996 M5 0.0700 -0.040 0.1800
## 33 R33 25712996 M5 0.1000 -0.010 0.2000
## 34 R34 25712996 M5 0.2300 0.060 0.4000
## 35 R35 25712996 M5 0.2100 0.040 0.3700
## 36 R36 25712996 M5 0.2100 0.090 0.3300
## 37 R37 25712996 M5 0.2100 0.120 0.3000
## 38 R38 25712996 M5 0.0100 -0.160 0.1800
## 39 R39 25712996 M5 0.0600 -0.140 0.2600
## 40 R40 28678979 M1 1.6400 1.480 1.8300
## 41 R41 30045251 M1 1.2500 0.000 0.0000
## 42 R42 30045251 M1 1.2600 0.000 0.0000
## 43 R43 31195408 M1 1.1000 1.070 1.1200
## 44 R44 31195408 M1 1.1200 1.040 1.2000
## 45 R45 31195408 M1 1.0800 0.990 1.1900
## 46 R46 33131310 M1 1.4200 1.370 1.4800
## 47 R47 33980691 M1 0.3400 0.210 0.5500
## 48 R48 33980691 M1 3.0300 2.180 4.2200
## 49 R49 35074047 M1 2.1800 1.800 2.6400
## 50 R50 35074047 M1 2.0100 1.790 2.2600
## 51 R51 35074047 M1 0.3400 0.180 0.5500
## 52 R52 35074047 M1 3.0300 2.180 4.2200
## 53 R53 35656995 M1 1.8900 1.370 2.6100
## 54 R54 35694671 M1 1.3900 1.210 1.5900
## 55 R55 35074047 M7 1.8200 1.450 2.2800
## 56 R56 35074047 M4 1.6000 1.080 2.3700
## 57 R57 33771188 M4 1.2100 1.130 1.3000
## 58 R58 33771188 M4 1.1400 1.040 1.2600
## 59 R59 35694671 M4 1.9500 1.350 2.8200
## 60 R60 28678979 M4 1.4490 1.189 1.9180
## 61 R61 28678979 M4 1.4130 1.157 1.8940
## 62 R62 34001814 M1 1.0080 1.004 1.0116
## 63 R63 34001814 M2 1.0090 1.007 1.0120
## 64 R64 34001814 M1 1.0050 1.002 1.0080
## 65 R65 34001814 M2 1.0070 1.004 1.0100
## 66 R66 35599089 M10 14.3740 0.000 0.0000
## 67 R67 35599089 M10 6.9940 0.000 0.0000
## 68 R68 35599089 M10 11.4600 0.000 0.0000
## 69 R69 35599089 M10 7.8690 0.000 0.0000
## 70 R70 35599089 M10 2.2350 0.000 0.0000
## 71 R71 35599089 M10 7.9080 0.000 0.0000
## 72 R72 34002035 M1 1.3400 1.240 1.4500
## 73 R73 34002035 M1 1.4000 1.250 1.5800
## 74 R74 34120448 M10 1.5100 1.200 1.8800
## 75 R75 34120448 M10 1.3400 1.030 1.7400
## 76 R76 34120448 M10 2.4600 1.460 4.1400
## 77 R77 34120448 M10 1.0700 0.580 1.9800
## 78 R78 34120448 M10 1.4600 0.710 2.9900
## 79 R79 34120448 M10 0.4800 0.210 1.1100
## 80 R80 24462370 M10 0.7300 0.240 1.2100
## 81 R81 24462370 M10 0.2900 0.020 0.5500
## 82 R82 31501611 M1 2.6100 2.140 3.1900
## 83 R83 31501611 M1 1.8600 1.650 2.1000
## 84 R84 31501611 M10 3.5100 2.710 4.5400
## 85 R85 31501611 M10 2.0000 1.750 2.2800
## 86 R86 32665587 M1 0.8300 -0.110 1.7700
## 87 R87 32665587 M1 0.7600 -0.190 1.7000
## 88 R88 35232963 M10 0.1450 0.116 0.1730
## 89 R89 34465205 M1 1.7700 1.530 2.0400
## 90 R90 33323262 M1 1.5500 1.370 1.7600
## 91 R91 33323262 M2 1.4000 1.260 1.5600
## 92 R92 33323262 M3 1.4300 1.260 1.6200
## 93 R93 33323262 M4 1.1000 0.820 1.4900
## 94 R94 33323262 M11 1.5500 1.420 1.6900
## 95 R95 29935421 M1 4.1720 1.928 6.6800
## 96 R96 25411050 M5 10.4300 4.820 16.0400
## 97 R97 25411050 M5 2.9700 -0.080 6.0300
## 98 R98 34333589 M1 1.1000 1.080 1.1300
## 99 R99 34333589 M1 1.6400 1.470 1.8200
## 100 R100 28317167 M10 0.5270 0.363 0.6910
## 101 R101 28317167 M10 0.4330 0.338 0.5280
## 102 R102 35186940 M1 0.9230 0.508 1.6750
## 103 R103 35186940 M2 1.4420 0.886 2.3490
## 104 R104 35186940 M4 0.1770 0.028 1.1290
## 105 R105 35186940 M12 2.0420 1.439 3.3670
## 106 R106 35186940 M1 0.8530 0.582 1.2500
## 107 R107 35186940 M2 0.8490 0.647 1.1130
## 108 R108 35186940 M4 0.1420 0.044 0.4570
## 109 R109 35186940 M12 1.5860 1.235 1.9180
## 110 R110 34322150 M13 0.0080 0.000 0.0000
## 111 R111 34322150 M14 0.1040 0.000 0.0000
## 112 R112 34322150 M4 0.0149 0.000 0.0000
## 113 R113 34322150 M15 0.0136 0.000 0.0000
## 114 R114 34322150 M16 0.0143 0.000 0.0000
## 115 R115 34322150 M17 0.0163 0.000 0.0000
## 116 R116 34322150 M18 0.0163 0.000 0.0000
## pvalue exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error
## 1 6.260e-11 E4 O5 ID1 NA
## 2 4.380e-35 E5 O5 ID1 NA
## 3 5.500e-03 E2 O1 ID1 NA
## 4 2.500e-100 E2 O2 ID1 NA
## 5 1.320e-02 E4 O5 ID1 NA
## 6 1.480e-05 E5 O5 ID1 NA
## 7 8.180e-07 E4 O5 ID1 NA
## 8 9.330e-18 E5 O5 ID1 NA
## 9 2.000e-03 E2 O7 ID4 NA
## 10 2.500e-05 E2 O6 ID4 NA
## 11 -2.000e-02 E1 O6 ID2 NA
## 12 2.000e-03 E1 O6 ID2 NA
## 13 8.600e-02 E1 O6 ID2 NA
## 14 2.000e-04 E1 O6 ID2 NA
## 15 2.000e-03 E1 O7 ID2 NA
## 16 2.000e-15 E1 O3 ID1 NA
## 17 2.450e-05 E10 O4 ID1 NA
## 18 1.000e-02 E2 O7 ID4 NA
## 19 1.000e-02 E2 O6 ID4 NA
## 20 2.000e-04 E13 O6 ID4 NA
## 21 3.600e-08 E13 O7 ID4 NA
## 22 4.000e-03 E1 O8 ID4 0.4000
## 23 1.000e-03 E1 O6 ID4 0.0310
## 24 6.580e-01 E1 O6 ID4 0.0620
## 25 1.000e-03 E1 O6 ID4 0.0320
## 26 3.250e-01 E1 O6 ID4 0.1540
## 27 1.000e-03 E1 O7 ID4 0.0000
## 28 5.660e-79 E1 O6 ID4 0.0000
## 29 3.200e-02 E3 O6 ID4 0.0000
## 30 2.730e-39 E1 O7 ID4 0.0000
## 31 5.300e-02 E3 O7 ID4 0.0000
## 32 2.400e-01 E2 O7 ID4 0.0000
## 33 6.000e-02 E2 O6 ID4 0.0000
## 34 0.000e+00 E2 O7 ID4 0.0000
## 35 0.000e+00 E2 O6 ID4 0.0000
## 36 8.000e-04 E2 O7 ID4 0.0000
## 37 2.500e-06 E2 O6 ID4 0.0000
## 38 9.300e-01 E2 O7 ID4 0.0000
## 39 5.600e-01 E2 O6 ID4 0.0000
## 40 1.100e-19 E1 O3 ID1 0.0000
## 41 2.500e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 42 2.700e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 43 3.400e-16 E1 O11 ID1 0.0000
## 44 1.500e-03 E6 O11 ID1 0.0000
## 45 9.000e-02 E7 O11 ID1 0.0000
## 46 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 47 1.000e-05 E8 O3 ID1 0.0000
## 48 5.000e-11 E9 O3 ID1 0.0000
## 49 2.000e-11 E1 O3 ID1 0.0000
## 50 6.000e-29 E11 O3 ID1 0.0000
## 51 1.000e-04 E8 O3 ID1 0.0000
## 52 2.000e-07 E9 O3 ID1 0.0000
## 53 0.000e+00 E1 O10 ID1 0.0000
## 54 2.460e-06 E10 O4 ID1 0.0000
## 55 2.000e-07 E1 O3 ID1 0.0000
## 56 2.200e-02 E1 O3 ID1 -0.0300
## 57 2.890e-03 E4 O5 ID1 -0.0500
## 58 8.200e-03 E5 O5 ID1 0.0000
## 59 3.840e-03 E10 O4 ID1 0.0000
## 60 1.000e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 61 2.000e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 62 1.000e-03 E4 O5 ID1 0.0000
## 63 1.020e-10 E4 O5 ID1 0.0000
## 64 1.000e-03 E4 O5 ID1 0.0000
## 65 5.650e-07 E4 O5 ID1 0.0000
## 66 4.230e-158 E1 O6 ID4 0.5070
## 67 9.370e-18 E14 O6 ID4 0.8100
## 68 1.490e-50 E11 O6 ID4 0.7530
## 69 2.170e-87 E1 O7 ID4 0.3850
## 70 1.580e-04 E14 O7 ID4 0.5910
## 71 3.870e-46 E11 O7 ID4 0.5460
## 72 0.000e+00 E1 O6 ID1 0.0000
## 73 0.000e+00 E3 O6 ID1 0.0000
## 74 3.000e-03 E1 O2 ID1 0.0000
## 75 2.900e-02 E1 O1 ID1 0.0000
## 76 1.000e-03 E3 O2 ID1 0.0000
## 77 8.200e-01 E3 O1 ID1 0.0000
## 78 2.740e-01 E11 O2 ID1 0.0000
## 79 7.900e-02 E11 O1 ID1 0.0000
## 80 3.300e-03 E1 O6 ID4 0.0000
## 81 3.300e-02 E1 O7 ID4 0.0000
## 82 -4.000e-02 E15 O3 ID1 0.0000
## 83 1.400e-24 E15 O3 ID1 0.0000
## 84 2.500e-21 E15 O3 ID1 0.0000
## 85 4.500e-24 E15 O3 ID1 0.0000
## 86 8.250e-02 E1 O3 ID5 0.0000
## 87 1.170e-01 E1 O3 ID5 0.0000
## 88 4.200e-22 E1 O7 ID5 0.0000
## 89 6.300e-15 E4 O3 ID1 0.0000
## 90 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 91 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 92 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 93 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 94 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 95 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 96 0.000e+00 E1 O6 ID2 0.0000
## 97 0.000e+00 E1 O7 ID2 0.0000
## 98 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 99 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 100 0.000e+00 E1 O6 ID4 0.0000
## 101 1.000e-10 E1 O7 ID4 0.0000
## 102 7.500e-01 E15 O6 ID1 0.0000
## 103 1.400e-01 E15 O6 ID1 0.0000
## 104 6.800e-02 E15 O1 ID1 0.0000
## 105 1.900e-04 E15 O6 ID1 0.0000
## 106 4.200e-01 E15 O7 ID1 0.0000
## 107 2.400e-01 E15 O7 ID1 0.0000
## 108 1.200e-03 E15 O7 ID1 0.0000
## 109 1.100e-03 E15 O7 ID1 0.0000
## 110 1.162e-01 E1 O6 ID4 0.0051
## 111 4.200e-03 E1 O6 ID4 0.0036
## 112 1.301e-01 E1 O6 ID4 0.0098
## 113 2.280e-01 E1 O6 ID4 0.0110
## 114 1.330e-01 E1 O6 ID4 0.0091
## 115 2.440e-02 E1 O6 ID4 0.0067
## 116 2.480e-02 E1 O6 ID4 0.0067
## strata
## 1 <NA>
## 2 <NA>
## 3 <NA>
## 4 <NA>
## 5 <NA>
## 6 <NA>
## 7 <NA>
## 8 <NA>
## 9 <NA>
## 10 <NA>
## 11 <NA>
## 12 <NA>
## 13 <NA>
## 14 <NA>
## 15 <NA>
## 16 <NA>
## 17 <NA>
## 18 <NA>
## 19 <NA>
## 20 <NA>
## 21 <NA>
## 22 <NA>
## 23 <NA>
## 24 <NA>
## 25 <NA>
## 26 <NA>
## 27 <NA>
## 28 <NA>
## 29 <NA>
## 30 <NA>
## 31 <NA>
## 32 women
## 33 women
## 34 men
## 35 men
## 36 less than 55years
## 37 less than 55 years
## 38 more than 55 years
## 39 more than 55 years
## 40
## 41
## 42
## 43
## 44
## 45
## 46
## 47
## 48
## 49
## 50
## 51
## 52
## 53
## 54
## 55
## 56
## 57
## 58
## 59
## 60
## 61
## 62
## 63
## 64
## 65
## 66
## 67
## 68
## 69
## 70
## 71
## 72
## 73
## 74
## 75
## 76
## 77
## 78
## 79
## 80
## 81
## 82 females
## 83 Males
## 84 Females
## 85 Males
## 86 siblings
## 87
## 88
## 89
## 90
## 91
## 92
## 93
## 94
## 95
## 96
## 97
## 98
## 99
## 100
## 101
## 102
## 103
## 104
## 105
## 106
## 107
## 108
## 109
## 110
## 111
## 112
## 113
## 114
## 115
## 116#Create an empty and or blank column
dt$` ` <- paste(rep(" ", 20),collapse=" ")
#filter the datasets
dt <- dt %>%
filter(effectsizetype_id=="ID2" & outcomeid=="O7")
dt$effectsize[(dt$effectsize==2.97)] <- 0.297
dt$lowerinterval[(dt$lowerinterval==-0.08)] <- -0.008
dt$upperinterval[(dt$upperinterval==6.03)] <- 0.603
dt## results_id pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval pvalue
## 1 R15 19470880 M5 1.790 0.680 2.900 0.002
## 2 R97 25411050 M5 0.297 -0.008 0.603 0.000
## exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error strata
## 1 E1 O7 ID2 NA <NA>
## 2 E1 O7 ID2 0
##
## 1
## 2#create the confidence interval column
dt$`MD (95% CI)` <- sprintf("%.2f (%.2f - %.2f)",dt$effectsize,dt$lowerinterval,dt$upperinterval)
head(dt)## results_id pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval pvalue
## 1 R15 19470880 M5 1.790 0.680 2.900 0.002
## 2 R97 25411050 M5 0.297 -0.008 0.603 0.000
## exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error strata
## 1 E1 O7 ID2 NA <NA>
## 2 E1 O7 ID2 0
## MD (95% CI)
## 1 1.79 (0.68 - 2.90)
## 2 0.30 (-0.01 - 0.60)#define the theme
tm <- forest_theme(ci_pch = 20,
ci_col = "blue",
ci_fill = "red",
ci_alpha = 1,
ci_Theight = 0.3,
refline_col = "red",
legend_value = c("O6","O7"),)
p <- forest(dt[,c(2,13:14)],
est = dt$effectsize,
lower = dt$lowerinterval,
upper = dt$upperinterval,
sizes = 0.8,
ci_column = 2,
ref_line = 0,
xlim = c(-1,17),
footnote = "These are \nthe study PMIDs",
xlab = "Mean Difference",
title = "Forest plot showing the mean differences of BMI\n and DBP",
theme = tm)
plot(p)
#Diastolic blood pressure
dt <- dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM results')
dt## results_id pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval
## 1 R1 33771188 M1 1.1200 1.080 1.1600
## 2 R2 33771188 M1 1.2100 1.180 1.2500
## 3 R3 23824655 M1 1.0400 1.012 1.0720
## 4 R4 23824655 M1 1.1260 1.114 1.1390
## 5 R5 33771188 M3 1.1100 1.050 1.1800
## 6 R6 33771188 M3 1.2300 1.130 1.3400
## 7 R7 33771188 M2 1.1100 1.070 1.1600
## 8 R8 33771188 M2 1.2300 1.170 1.2900
## 9 R9 23824653 M5 0.4900 0.187 0.7930
## 10 R10 23824655 M5 0.8920 0.475 1.3090
## 11 R11 26568383 M5 0.3050 0.130 0.4600
## 12 R12 26568383 M5 0.2900 0.100 0.4800
## 13 R13 26568383 M5 0.3850 -0.050 0.8300
## 14 R14 19470880 M5 3.8500 1.880 5.7900
## 15 R15 19470880 M5 1.7900 0.680 2.9000
## 16 R16 35074047 M2 2.2900 1.870 2.7800
## 17 R17 35694671 M2 1.4900 1.240 1.7900
## 18 R18 25712996 M5 0.1500 0.030 0.2600
## 19 R19 25712996 M5 0.1600 0.040 0.2800
## 20 R20 28678979 M5 1.6500 0.780 2.5200
## 21 R21 28678979 M5 1.3700 0.880 1.8500
## 22 R22 32712226 M5 1.1000 0.000 0.0000
## 23 R23 30462199 M1 0.1010 0.040 0.1600
## 24 R24 30462199 M4 0.0270 -0.090 0.1500
## 25 R25 30462199 M2 0.1470 0.080 0.2100
## 26 R26 30462199 M8 -0.0200 -0.320 0.2800
## 27 R27 35947639 M9 -0.3240 0.000 0.0000
## 28 R28 32636122 M5 15.5270 13.909 17.1440
## 29 R29 32636122 M5 7.2770 0.609 13.9460
## 30 R30 32636122 M5 7.4710 6.355 8.5880
## 31 R31 32636122 M5 3.2090 -0.365 6.0520
## 32 R32 25712996 M5 0.0700 -0.040 0.1800
## 33 R33 25712996 M5 0.1000 -0.010 0.2000
## 34 R34 25712996 M5 0.2300 0.060 0.4000
## 35 R35 25712996 M5 0.2100 0.040 0.3700
## 36 R36 25712996 M5 0.2100 0.090 0.3300
## 37 R37 25712996 M5 0.2100 0.120 0.3000
## 38 R38 25712996 M5 0.0100 -0.160 0.1800
## 39 R39 25712996 M5 0.0600 -0.140 0.2600
## 40 R40 28678979 M1 1.6400 1.480 1.8300
## 41 R41 30045251 M1 1.2500 0.000 0.0000
## 42 R42 30045251 M1 1.2600 0.000 0.0000
## 43 R43 31195408 M1 1.1000 1.070 1.1200
## 44 R44 31195408 M1 1.1200 1.040 1.2000
## 45 R45 31195408 M1 1.0800 0.990 1.1900
## 46 R46 33131310 M1 1.4200 1.370 1.4800
## 47 R47 33980691 M1 0.3400 0.210 0.5500
## 48 R48 33980691 M1 3.0300 2.180 4.2200
## 49 R49 35074047 M1 2.1800 1.800 2.6400
## 50 R50 35074047 M1 2.0100 1.790 2.2600
## 51 R51 35074047 M1 0.3400 0.180 0.5500
## 52 R52 35074047 M1 3.0300 2.180 4.2200
## 53 R53 35656995 M1 1.8900 1.370 2.6100
## 54 R54 35694671 M1 1.3900 1.210 1.5900
## 55 R55 35074047 M7 1.8200 1.450 2.2800
## 56 R56 35074047 M4 1.6000 1.080 2.3700
## 57 R57 33771188 M4 1.2100 1.130 1.3000
## 58 R58 33771188 M4 1.1400 1.040 1.2600
## 59 R59 35694671 M4 1.9500 1.350 2.8200
## 60 R60 28678979 M4 1.4490 1.189 1.9180
## 61 R61 28678979 M4 1.4130 1.157 1.8940
## 62 R62 34001814 M1 1.0080 1.004 1.0116
## 63 R63 34001814 M2 1.0090 1.007 1.0120
## 64 R64 34001814 M1 1.0050 1.002 1.0080
## 65 R65 34001814 M2 1.0070 1.004 1.0100
## 66 R66 35599089 M10 14.3740 0.000 0.0000
## 67 R67 35599089 M10 6.9940 0.000 0.0000
## 68 R68 35599089 M10 11.4600 0.000 0.0000
## 69 R69 35599089 M10 7.8690 0.000 0.0000
## 70 R70 35599089 M10 2.2350 0.000 0.0000
## 71 R71 35599089 M10 7.9080 0.000 0.0000
## 72 R72 34002035 M1 1.3400 1.240 1.4500
## 73 R73 34002035 M1 1.4000 1.250 1.5800
## 74 R74 34120448 M10 1.5100 1.200 1.8800
## 75 R75 34120448 M10 1.3400 1.030 1.7400
## 76 R76 34120448 M10 2.4600 1.460 4.1400
## 77 R77 34120448 M10 1.0700 0.580 1.9800
## 78 R78 34120448 M10 1.4600 0.710 2.9900
## 79 R79 34120448 M10 0.4800 0.210 1.1100
## 80 R80 24462370 M10 0.7300 0.240 1.2100
## 81 R81 24462370 M10 0.2900 0.020 0.5500
## 82 R82 31501611 M1 2.6100 2.140 3.1900
## 83 R83 31501611 M1 1.8600 1.650 2.1000
## 84 R84 31501611 M10 3.5100 2.710 4.5400
## 85 R85 31501611 M10 2.0000 1.750 2.2800
## 86 R86 32665587 M1 0.8300 -0.110 1.7700
## 87 R87 32665587 M1 0.7600 -0.190 1.7000
## 88 R88 35232963 M10 0.1450 0.116 0.1730
## 89 R89 34465205 M1 1.7700 1.530 2.0400
## 90 R90 33323262 M1 1.5500 1.370 1.7600
## 91 R91 33323262 M2 1.4000 1.260 1.5600
## 92 R92 33323262 M3 1.4300 1.260 1.6200
## 93 R93 33323262 M4 1.1000 0.820 1.4900
## 94 R94 33323262 M11 1.5500 1.420 1.6900
## 95 R95 29935421 M1 4.1720 1.928 6.6800
## 96 R96 25411050 M5 10.4300 4.820 16.0400
## 97 R97 25411050 M5 2.9700 -0.080 6.0300
## 98 R98 34333589 M1 1.1000 1.080 1.1300
## 99 R99 34333589 M1 1.6400 1.470 1.8200
## 100 R100 28317167 M10 0.5270 0.363 0.6910
## 101 R101 28317167 M10 0.4330 0.338 0.5280
## 102 R102 35186940 M1 0.9230 0.508 1.6750
## 103 R103 35186940 M2 1.4420 0.886 2.3490
## 104 R104 35186940 M4 0.1770 0.028 1.1290
## 105 R105 35186940 M12 2.0420 1.439 3.3670
## 106 R106 35186940 M1 0.8530 0.582 1.2500
## 107 R107 35186940 M2 0.8490 0.647 1.1130
## 108 R108 35186940 M4 0.1420 0.044 0.4570
## 109 R109 35186940 M12 1.5860 1.235 1.9180
## 110 R110 34322150 M13 0.0080 0.000 0.0000
## 111 R111 34322150 M14 0.1040 0.000 0.0000
## 112 R112 34322150 M4 0.0149 0.000 0.0000
## 113 R113 34322150 M15 0.0136 0.000 0.0000
## 114 R114 34322150 M16 0.0143 0.000 0.0000
## 115 R115 34322150 M17 0.0163 0.000 0.0000
## 116 R116 34322150 M18 0.0163 0.000 0.0000
## pvalue exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error
## 1 6.260e-11 E4 O5 ID1 NA
## 2 4.380e-35 E5 O5 ID1 NA
## 3 5.500e-03 E2 O1 ID1 NA
## 4 2.500e-100 E2 O2 ID1 NA
## 5 1.320e-02 E4 O5 ID1 NA
## 6 1.480e-05 E5 O5 ID1 NA
## 7 8.180e-07 E4 O5 ID1 NA
## 8 9.330e-18 E5 O5 ID1 NA
## 9 2.000e-03 E2 O7 ID4 NA
## 10 2.500e-05 E2 O6 ID4 NA
## 11 -2.000e-02 E1 O6 ID2 NA
## 12 2.000e-03 E1 O6 ID2 NA
## 13 8.600e-02 E1 O6 ID2 NA
## 14 2.000e-04 E1 O6 ID2 NA
## 15 2.000e-03 E1 O7 ID2 NA
## 16 2.000e-15 E1 O3 ID1 NA
## 17 2.450e-05 E10 O4 ID1 NA
## 18 1.000e-02 E2 O7 ID4 NA
## 19 1.000e-02 E2 O6 ID4 NA
## 20 2.000e-04 E13 O6 ID4 NA
## 21 3.600e-08 E13 O7 ID4 NA
## 22 4.000e-03 E1 O8 ID4 0.4000
## 23 1.000e-03 E1 O6 ID4 0.0310
## 24 6.580e-01 E1 O6 ID4 0.0620
## 25 1.000e-03 E1 O6 ID4 0.0320
## 26 3.250e-01 E1 O6 ID4 0.1540
## 27 1.000e-03 E1 O7 ID4 0.0000
## 28 5.660e-79 E1 O6 ID4 0.0000
## 29 3.200e-02 E3 O6 ID4 0.0000
## 30 2.730e-39 E1 O7 ID4 0.0000
## 31 5.300e-02 E3 O7 ID4 0.0000
## 32 2.400e-01 E2 O7 ID4 0.0000
## 33 6.000e-02 E2 O6 ID4 0.0000
## 34 0.000e+00 E2 O7 ID4 0.0000
## 35 0.000e+00 E2 O6 ID4 0.0000
## 36 8.000e-04 E2 O7 ID4 0.0000
## 37 2.500e-06 E2 O6 ID4 0.0000
## 38 9.300e-01 E2 O7 ID4 0.0000
## 39 5.600e-01 E2 O6 ID4 0.0000
## 40 1.100e-19 E1 O3 ID1 0.0000
## 41 2.500e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 42 2.700e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 43 3.400e-16 E1 O11 ID1 0.0000
## 44 1.500e-03 E6 O11 ID1 0.0000
## 45 9.000e-02 E7 O11 ID1 0.0000
## 46 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 47 1.000e-05 E8 O3 ID1 0.0000
## 48 5.000e-11 E9 O3 ID1 0.0000
## 49 2.000e-11 E1 O3 ID1 0.0000
## 50 6.000e-29 E11 O3 ID1 0.0000
## 51 1.000e-04 E8 O3 ID1 0.0000
## 52 2.000e-07 E9 O3 ID1 0.0000
## 53 0.000e+00 E1 O10 ID1 0.0000
## 54 2.460e-06 E10 O4 ID1 0.0000
## 55 2.000e-07 E1 O3 ID1 0.0000
## 56 2.200e-02 E1 O3 ID1 -0.0300
## 57 2.890e-03 E4 O5 ID1 -0.0500
## 58 8.200e-03 E5 O5 ID1 0.0000
## 59 3.840e-03 E10 O4 ID1 0.0000
## 60 1.000e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 61 2.000e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 62 1.000e-03 E4 O5 ID1 0.0000
## 63 1.020e-10 E4 O5 ID1 0.0000
## 64 1.000e-03 E4 O5 ID1 0.0000
## 65 5.650e-07 E4 O5 ID1 0.0000
## 66 4.230e-158 E1 O6 ID4 0.5070
## 67 9.370e-18 E14 O6 ID4 0.8100
## 68 1.490e-50 E11 O6 ID4 0.7530
## 69 2.170e-87 E1 O7 ID4 0.3850
## 70 1.580e-04 E14 O7 ID4 0.5910
## 71 3.870e-46 E11 O7 ID4 0.5460
## 72 0.000e+00 E1 O6 ID1 0.0000
## 73 0.000e+00 E3 O6 ID1 0.0000
## 74 3.000e-03 E1 O2 ID1 0.0000
## 75 2.900e-02 E1 O1 ID1 0.0000
## 76 1.000e-03 E3 O2 ID1 0.0000
## 77 8.200e-01 E3 O1 ID1 0.0000
## 78 2.740e-01 E11 O2 ID1 0.0000
## 79 7.900e-02 E11 O1 ID1 0.0000
## 80 3.300e-03 E1 O6 ID4 0.0000
## 81 3.300e-02 E1 O7 ID4 0.0000
## 82 -4.000e-02 E15 O3 ID1 0.0000
## 83 1.400e-24 E15 O3 ID1 0.0000
## 84 2.500e-21 E15 O3 ID1 0.0000
## 85 4.500e-24 E15 O3 ID1 0.0000
## 86 8.250e-02 E1 O3 ID5 0.0000
## 87 1.170e-01 E1 O3 ID5 0.0000
## 88 4.200e-22 E1 O7 ID5 0.0000
## 89 6.300e-15 E4 O3 ID1 0.0000
## 90 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 91 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 92 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 93 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 94 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 95 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 96 0.000e+00 E1 O6 ID2 0.0000
## 97 0.000e+00 E1 O7 ID2 0.0000
## 98 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 99 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 100 0.000e+00 E1 O6 ID4 0.0000
## 101 1.000e-10 E1 O7 ID4 0.0000
## 102 7.500e-01 E15 O6 ID1 0.0000
## 103 1.400e-01 E15 O6 ID1 0.0000
## 104 6.800e-02 E15 O1 ID1 0.0000
## 105 1.900e-04 E15 O6 ID1 0.0000
## 106 4.200e-01 E15 O7 ID1 0.0000
## 107 2.400e-01 E15 O7 ID1 0.0000
## 108 1.200e-03 E15 O7 ID1 0.0000
## 109 1.100e-03 E15 O7 ID1 0.0000
## 110 1.162e-01 E1 O6 ID4 0.0051
## 111 4.200e-03 E1 O6 ID4 0.0036
## 112 1.301e-01 E1 O6 ID4 0.0098
## 113 2.280e-01 E1 O6 ID4 0.0110
## 114 1.330e-01 E1 O6 ID4 0.0091
## 115 2.440e-02 E1 O6 ID4 0.0067
## 116 2.480e-02 E1 O6 ID4 0.0067
## strata
## 1 <NA>
## 2 <NA>
## 3 <NA>
## 4 <NA>
## 5 <NA>
## 6 <NA>
## 7 <NA>
## 8 <NA>
## 9 <NA>
## 10 <NA>
## 11 <NA>
## 12 <NA>
## 13 <NA>
## 14 <NA>
## 15 <NA>
## 16 <NA>
## 17 <NA>
## 18 <NA>
## 19 <NA>
## 20 <NA>
## 21 <NA>
## 22 <NA>
## 23 <NA>
## 24 <NA>
## 25 <NA>
## 26 <NA>
## 27 <NA>
## 28 <NA>
## 29 <NA>
## 30 <NA>
## 31 <NA>
## 32 women
## 33 women
## 34 men
## 35 men
## 36 less than 55years
## 37 less than 55 years
## 38 more than 55 years
## 39 more than 55 years
## 40
## 41
## 42
## 43
## 44
## 45
## 46
## 47
## 48
## 49
## 50
## 51
## 52
## 53
## 54
## 55
## 56
## 57
## 58
## 59
## 60
## 61
## 62
## 63
## 64
## 65
## 66
## 67
## 68
## 69
## 70
## 71
## 72
## 73
## 74
## 75
## 76
## 77
## 78
## 79
## 80
## 81
## 82 females
## 83 Males
## 84 Females
## 85 Males
## 86 siblings
## 87
## 88
## 89
## 90
## 91
## 92
## 93
## 94
## 95
## 96
## 97
## 98
## 99
## 100
## 101
## 102
## 103
## 104
## 105
## 106
## 107
## 108
## 109
## 110
## 111
## 112
## 113
## 114
## 115
## 116#Create an empty and or blank column
dt$` ` <- paste(rep(" ", 20),collapse=" ")
#filter the datasets
dt <- dt %>%
filter(effectsizetype_id=="ID2" & outcomeid=="O7")
dt$effectsize[(dt$effectsize==10.43)] <- 1.048
dt$lowerinterval[(dt$lowerinterval==4.82)] <- 0.482
dt$upperinterval[(dt$upperinterval==16.04)] <- 1.604
dt## results_id pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval pvalue
## 1 R15 19470880 M5 1.79 0.68 2.90 0.002
## 2 R97 25411050 M5 2.97 -0.08 6.03 0.000
## exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error strata
## 1 E1 O7 ID2 NA <NA>
## 2 E1 O7 ID2 0
##
## 1
## 2#create the confidence interval column
dt$`MD (95% CI)` <- sprintf("%.2f (%.2f - %.2f)",dt$effectsize,dt$lowerinterval,dt$upperinterval)
head(dt)## results_id pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval pvalue
## 1 R15 19470880 M5 1.79 0.68 2.90 0.002
## 2 R97 25411050 M5 2.97 -0.08 6.03 0.000
## exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error strata
## 1 E1 O7 ID2 NA <NA>
## 2 E1 O7 ID2 0
## MD (95% CI)
## 1 1.79 (0.68 - 2.90)
## 2 2.97 (-0.08 - 6.03)#define the theme
tm <- forest_theme(ci_pch = 20,
ci_col = "blue",
ci_fill = "red",
ci_alpha = 1,
ci_Theight = 0.3,
refline_col = "red",
legend_value = c("O6","O7"),)
p <- forest(dt[,c(2,13:14)],
est = dt$effectsize,
lower = dt$lowerinterval,
upper = dt$upperinterval,
sizes = 0.8,
ci_column = 2,
ref_line = 0,
xlim = c(-1,17),
footnote = "These are \nthe study PMIDs",
xlab = "Mean Difference",
title = "Forest plot showing the mean differences of BMI\n and SBP",
theme = tm)
plot(p)
# Make a forest plot with Odds ratio only ---------------------------------
dt_or <- dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM results')
dt_or## results_id pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval
## 1 R1 33771188 M1 1.1200 1.080 1.1600
## 2 R2 33771188 M1 1.2100 1.180 1.2500
## 3 R3 23824655 M1 1.0400 1.012 1.0720
## 4 R4 23824655 M1 1.1260 1.114 1.1390
## 5 R5 33771188 M3 1.1100 1.050 1.1800
## 6 R6 33771188 M3 1.2300 1.130 1.3400
## 7 R7 33771188 M2 1.1100 1.070 1.1600
## 8 R8 33771188 M2 1.2300 1.170 1.2900
## 9 R9 23824653 M5 0.4900 0.187 0.7930
## 10 R10 23824655 M5 0.8920 0.475 1.3090
## 11 R11 26568383 M5 0.3050 0.130 0.4600
## 12 R12 26568383 M5 0.2900 0.100 0.4800
## 13 R13 26568383 M5 0.3850 -0.050 0.8300
## 14 R14 19470880 M5 3.8500 1.880 5.7900
## 15 R15 19470880 M5 1.7900 0.680 2.9000
## 16 R16 35074047 M2 2.2900 1.870 2.7800
## 17 R17 35694671 M2 1.4900 1.240 1.7900
## 18 R18 25712996 M5 0.1500 0.030 0.2600
## 19 R19 25712996 M5 0.1600 0.040 0.2800
## 20 R20 28678979 M5 1.6500 0.780 2.5200
## 21 R21 28678979 M5 1.3700 0.880 1.8500
## 22 R22 32712226 M5 1.1000 0.000 0.0000
## 23 R23 30462199 M1 0.1010 0.040 0.1600
## 24 R24 30462199 M4 0.0270 -0.090 0.1500
## 25 R25 30462199 M2 0.1470 0.080 0.2100
## 26 R26 30462199 M8 -0.0200 -0.320 0.2800
## 27 R27 35947639 M9 -0.3240 0.000 0.0000
## 28 R28 32636122 M5 15.5270 13.909 17.1440
## 29 R29 32636122 M5 7.2770 0.609 13.9460
## 30 R30 32636122 M5 7.4710 6.355 8.5880
## 31 R31 32636122 M5 3.2090 -0.365 6.0520
## 32 R32 25712996 M5 0.0700 -0.040 0.1800
## 33 R33 25712996 M5 0.1000 -0.010 0.2000
## 34 R34 25712996 M5 0.2300 0.060 0.4000
## 35 R35 25712996 M5 0.2100 0.040 0.3700
## 36 R36 25712996 M5 0.2100 0.090 0.3300
## 37 R37 25712996 M5 0.2100 0.120 0.3000
## 38 R38 25712996 M5 0.0100 -0.160 0.1800
## 39 R39 25712996 M5 0.0600 -0.140 0.2600
## 40 R40 28678979 M1 1.6400 1.480 1.8300
## 41 R41 30045251 M1 1.2500 0.000 0.0000
## 42 R42 30045251 M1 1.2600 0.000 0.0000
## 43 R43 31195408 M1 1.1000 1.070 1.1200
## 44 R44 31195408 M1 1.1200 1.040 1.2000
## 45 R45 31195408 M1 1.0800 0.990 1.1900
## 46 R46 33131310 M1 1.4200 1.370 1.4800
## 47 R47 33980691 M1 0.3400 0.210 0.5500
## 48 R48 33980691 M1 3.0300 2.180 4.2200
## 49 R49 35074047 M1 2.1800 1.800 2.6400
## 50 R50 35074047 M1 2.0100 1.790 2.2600
## 51 R51 35074047 M1 0.3400 0.180 0.5500
## 52 R52 35074047 M1 3.0300 2.180 4.2200
## 53 R53 35656995 M1 1.8900 1.370 2.6100
## 54 R54 35694671 M1 1.3900 1.210 1.5900
## 55 R55 35074047 M7 1.8200 1.450 2.2800
## 56 R56 35074047 M4 1.6000 1.080 2.3700
## 57 R57 33771188 M4 1.2100 1.130 1.3000
## 58 R58 33771188 M4 1.1400 1.040 1.2600
## 59 R59 35694671 M4 1.9500 1.350 2.8200
## 60 R60 28678979 M4 1.4490 1.189 1.9180
## 61 R61 28678979 M4 1.4130 1.157 1.8940
## 62 R62 34001814 M1 1.0080 1.004 1.0116
## 63 R63 34001814 M2 1.0090 1.007 1.0120
## 64 R64 34001814 M1 1.0050 1.002 1.0080
## 65 R65 34001814 M2 1.0070 1.004 1.0100
## 66 R66 35599089 M10 14.3740 0.000 0.0000
## 67 R67 35599089 M10 6.9940 0.000 0.0000
## 68 R68 35599089 M10 11.4600 0.000 0.0000
## 69 R69 35599089 M10 7.8690 0.000 0.0000
## 70 R70 35599089 M10 2.2350 0.000 0.0000
## 71 R71 35599089 M10 7.9080 0.000 0.0000
## 72 R72 34002035 M1 1.3400 1.240 1.4500
## 73 R73 34002035 M1 1.4000 1.250 1.5800
## 74 R74 34120448 M10 1.5100 1.200 1.8800
## 75 R75 34120448 M10 1.3400 1.030 1.7400
## 76 R76 34120448 M10 2.4600 1.460 4.1400
## 77 R77 34120448 M10 1.0700 0.580 1.9800
## 78 R78 34120448 M10 1.4600 0.710 2.9900
## 79 R79 34120448 M10 0.4800 0.210 1.1100
## 80 R80 24462370 M10 0.7300 0.240 1.2100
## 81 R81 24462370 M10 0.2900 0.020 0.5500
## 82 R82 31501611 M1 2.6100 2.140 3.1900
## 83 R83 31501611 M1 1.8600 1.650 2.1000
## 84 R84 31501611 M10 3.5100 2.710 4.5400
## 85 R85 31501611 M10 2.0000 1.750 2.2800
## 86 R86 32665587 M1 0.8300 -0.110 1.7700
## 87 R87 32665587 M1 0.7600 -0.190 1.7000
## 88 R88 35232963 M10 0.1450 0.116 0.1730
## 89 R89 34465205 M1 1.7700 1.530 2.0400
## 90 R90 33323262 M1 1.5500 1.370 1.7600
## 91 R91 33323262 M2 1.4000 1.260 1.5600
## 92 R92 33323262 M3 1.4300 1.260 1.6200
## 93 R93 33323262 M4 1.1000 0.820 1.4900
## 94 R94 33323262 M11 1.5500 1.420 1.6900
## 95 R95 29935421 M1 4.1720 1.928 6.6800
## 96 R96 25411050 M5 10.4300 4.820 16.0400
## 97 R97 25411050 M5 2.9700 -0.080 6.0300
## 98 R98 34333589 M1 1.1000 1.080 1.1300
## 99 R99 34333589 M1 1.6400 1.470 1.8200
## 100 R100 28317167 M10 0.5270 0.363 0.6910
## 101 R101 28317167 M10 0.4330 0.338 0.5280
## 102 R102 35186940 M1 0.9230 0.508 1.6750
## 103 R103 35186940 M2 1.4420 0.886 2.3490
## 104 R104 35186940 M4 0.1770 0.028 1.1290
## 105 R105 35186940 M12 2.0420 1.439 3.3670
## 106 R106 35186940 M1 0.8530 0.582 1.2500
## 107 R107 35186940 M2 0.8490 0.647 1.1130
## 108 R108 35186940 M4 0.1420 0.044 0.4570
## 109 R109 35186940 M12 1.5860 1.235 1.9180
## 110 R110 34322150 M13 0.0080 0.000 0.0000
## 111 R111 34322150 M14 0.1040 0.000 0.0000
## 112 R112 34322150 M4 0.0149 0.000 0.0000
## 113 R113 34322150 M15 0.0136 0.000 0.0000
## 114 R114 34322150 M16 0.0143 0.000 0.0000
## 115 R115 34322150 M17 0.0163 0.000 0.0000
## 116 R116 34322150 M18 0.0163 0.000 0.0000
## pvalue exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error
## 1 6.260e-11 E4 O5 ID1 NA
## 2 4.380e-35 E5 O5 ID1 NA
## 3 5.500e-03 E2 O1 ID1 NA
## 4 2.500e-100 E2 O2 ID1 NA
## 5 1.320e-02 E4 O5 ID1 NA
## 6 1.480e-05 E5 O5 ID1 NA
## 7 8.180e-07 E4 O5 ID1 NA
## 8 9.330e-18 E5 O5 ID1 NA
## 9 2.000e-03 E2 O7 ID4 NA
## 10 2.500e-05 E2 O6 ID4 NA
## 11 -2.000e-02 E1 O6 ID2 NA
## 12 2.000e-03 E1 O6 ID2 NA
## 13 8.600e-02 E1 O6 ID2 NA
## 14 2.000e-04 E1 O6 ID2 NA
## 15 2.000e-03 E1 O7 ID2 NA
## 16 2.000e-15 E1 O3 ID1 NA
## 17 2.450e-05 E10 O4 ID1 NA
## 18 1.000e-02 E2 O7 ID4 NA
## 19 1.000e-02 E2 O6 ID4 NA
## 20 2.000e-04 E13 O6 ID4 NA
## 21 3.600e-08 E13 O7 ID4 NA
## 22 4.000e-03 E1 O8 ID4 0.4000
## 23 1.000e-03 E1 O6 ID4 0.0310
## 24 6.580e-01 E1 O6 ID4 0.0620
## 25 1.000e-03 E1 O6 ID4 0.0320
## 26 3.250e-01 E1 O6 ID4 0.1540
## 27 1.000e-03 E1 O7 ID4 0.0000
## 28 5.660e-79 E1 O6 ID4 0.0000
## 29 3.200e-02 E3 O6 ID4 0.0000
## 30 2.730e-39 E1 O7 ID4 0.0000
## 31 5.300e-02 E3 O7 ID4 0.0000
## 32 2.400e-01 E2 O7 ID4 0.0000
## 33 6.000e-02 E2 O6 ID4 0.0000
## 34 0.000e+00 E2 O7 ID4 0.0000
## 35 0.000e+00 E2 O6 ID4 0.0000
## 36 8.000e-04 E2 O7 ID4 0.0000
## 37 2.500e-06 E2 O6 ID4 0.0000
## 38 9.300e-01 E2 O7 ID4 0.0000
## 39 5.600e-01 E2 O6 ID4 0.0000
## 40 1.100e-19 E1 O3 ID1 0.0000
## 41 2.500e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 42 2.700e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 43 3.400e-16 E1 O11 ID1 0.0000
## 44 1.500e-03 E6 O11 ID1 0.0000
## 45 9.000e-02 E7 O11 ID1 0.0000
## 46 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 47 1.000e-05 E8 O3 ID1 0.0000
## 48 5.000e-11 E9 O3 ID1 0.0000
## 49 2.000e-11 E1 O3 ID1 0.0000
## 50 6.000e-29 E11 O3 ID1 0.0000
## 51 1.000e-04 E8 O3 ID1 0.0000
## 52 2.000e-07 E9 O3 ID1 0.0000
## 53 0.000e+00 E1 O10 ID1 0.0000
## 54 2.460e-06 E10 O4 ID1 0.0000
## 55 2.000e-07 E1 O3 ID1 0.0000
## 56 2.200e-02 E1 O3 ID1 -0.0300
## 57 2.890e-03 E4 O5 ID1 -0.0500
## 58 8.200e-03 E5 O5 ID1 0.0000
## 59 3.840e-03 E10 O4 ID1 0.0000
## 60 1.000e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 61 2.000e-02 E13 O3 ID1 0.0000
## 62 1.000e-03 E4 O5 ID1 0.0000
## 63 1.020e-10 E4 O5 ID1 0.0000
## 64 1.000e-03 E4 O5 ID1 0.0000
## 65 5.650e-07 E4 O5 ID1 0.0000
## 66 4.230e-158 E1 O6 ID4 0.5070
## 67 9.370e-18 E14 O6 ID4 0.8100
## 68 1.490e-50 E11 O6 ID4 0.7530
## 69 2.170e-87 E1 O7 ID4 0.3850
## 70 1.580e-04 E14 O7 ID4 0.5910
## 71 3.870e-46 E11 O7 ID4 0.5460
## 72 0.000e+00 E1 O6 ID1 0.0000
## 73 0.000e+00 E3 O6 ID1 0.0000
## 74 3.000e-03 E1 O2 ID1 0.0000
## 75 2.900e-02 E1 O1 ID1 0.0000
## 76 1.000e-03 E3 O2 ID1 0.0000
## 77 8.200e-01 E3 O1 ID1 0.0000
## 78 2.740e-01 E11 O2 ID1 0.0000
## 79 7.900e-02 E11 O1 ID1 0.0000
## 80 3.300e-03 E1 O6 ID4 0.0000
## 81 3.300e-02 E1 O7 ID4 0.0000
## 82 -4.000e-02 E15 O3 ID1 0.0000
## 83 1.400e-24 E15 O3 ID1 0.0000
## 84 2.500e-21 E15 O3 ID1 0.0000
## 85 4.500e-24 E15 O3 ID1 0.0000
## 86 8.250e-02 E1 O3 ID5 0.0000
## 87 1.170e-01 E1 O3 ID5 0.0000
## 88 4.200e-22 E1 O7 ID5 0.0000
## 89 6.300e-15 E4 O3 ID1 0.0000
## 90 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 91 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 92 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 93 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 94 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 95 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 96 0.000e+00 E1 O6 ID2 0.0000
## 97 0.000e+00 E1 O7 ID2 0.0000
## 98 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 99 0.000e+00 E1 O3 ID1 0.0000
## 100 0.000e+00 E1 O6 ID4 0.0000
## 101 1.000e-10 E1 O7 ID4 0.0000
## 102 7.500e-01 E15 O6 ID1 0.0000
## 103 1.400e-01 E15 O6 ID1 0.0000
## 104 6.800e-02 E15 O1 ID1 0.0000
## 105 1.900e-04 E15 O6 ID1 0.0000
## 106 4.200e-01 E15 O7 ID1 0.0000
## 107 2.400e-01 E15 O7 ID1 0.0000
## 108 1.200e-03 E15 O7 ID1 0.0000
## 109 1.100e-03 E15 O7 ID1 0.0000
## 110 1.162e-01 E1 O6 ID4 0.0051
## 111 4.200e-03 E1 O6 ID4 0.0036
## 112 1.301e-01 E1 O6 ID4 0.0098
## 113 2.280e-01 E1 O6 ID4 0.0110
## 114 1.330e-01 E1 O6 ID4 0.0091
## 115 2.440e-02 E1 O6 ID4 0.0067
## 116 2.480e-02 E1 O6 ID4 0.0067
## strata
## 1 <NA>
## 2 <NA>
## 3 <NA>
## 4 <NA>
## 5 <NA>
## 6 <NA>
## 7 <NA>
## 8 <NA>
## 9 <NA>
## 10 <NA>
## 11 <NA>
## 12 <NA>
## 13 <NA>
## 14 <NA>
## 15 <NA>
## 16 <NA>
## 17 <NA>
## 18 <NA>
## 19 <NA>
## 20 <NA>
## 21 <NA>
## 22 <NA>
## 23 <NA>
## 24 <NA>
## 25 <NA>
## 26 <NA>
## 27 <NA>
## 28 <NA>
## 29 <NA>
## 30 <NA>
## 31 <NA>
## 32 women
## 33 women
## 34 men
## 35 men
## 36 less than 55years
## 37 less than 55 years
## 38 more than 55 years
## 39 more than 55 years
## 40
## 41
## 42
## 43
## 44
## 45
## 46
## 47
## 48
## 49
## 50
## 51
## 52
## 53
## 54
## 55
## 56
## 57
## 58
## 59
## 60
## 61
## 62
## 63
## 64
## 65
## 66
## 67
## 68
## 69
## 70
## 71
## 72
## 73
## 74
## 75
## 76
## 77
## 78
## 79
## 80
## 81
## 82 females
## 83 Males
## 84 Females
## 85 Males
## 86 siblings
## 87
## 88
## 89
## 90
## 91
## 92
## 93
## 94
## 95
## 96
## 97
## 98
## 99
## 100
## 101
## 102
## 103
## 104
## 105
## 106
## 107
## 108
## 109
## 110
## 111
## 112
## 113
## 114
## 115
## 116#Create an empty and or blank column
dt_or$` ` <- paste(rep(" ", 20),collapse=" ")
#create the confidence interval column
dt_or$`OR (95% CI)` <- sprintf("%.2f (%.2f - %.2f)",dt_or$effectsize,dt_or$lowerinterval,dt_or$upperinterval)
head(dt)## results_id pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval pvalue
## 1 R15 19470880 M5 1.79 0.68 2.90 0.002
## 2 R97 25411050 M5 2.97 -0.08 6.03 0.000
## exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error strata
## 1 E1 O7 ID2 NA <NA>
## 2 E1 O7 ID2 0
## MD (95% CI)
## 1 1.79 (0.68 - 2.90)
## 2 2.97 (-0.08 - 6.03)dt_or <- dt_or %>%
filter(effectsizetype_id=="ID1" & outcomeid=="O3")
#define the theme
tm <- forest_theme(ci_pch = 20,
ci_col = "blue",
ci_fill = "red",
ci_alpha = 1,
ci_Theight = 0.3)
p <- forest(dt_or[,c(2,13:14)],
est = dt_or$effectsize,
lower = dt_or$lowerinterval,
upper = dt_or$upperinterval,
sizes = 0.8,
ci_column = 2,
ref_line = 1,
arrow_lab = c("Decreased risk", "Increased risk"),
xlim = c(-1,7),
footnote = "These are \nthe study PMIDs",
xlab = "Odds Ratio",
theme = tm)
plot(p)