DATA ANALYSIS FROM SQLITEDATABASE —————————————

Author: Winfred Gatua —————————————————

Date:05/12/2022 ———————————————————

#set working directory

setwd("~/OneDrive - University of Bristol/Winfred_PhDApps/Streamlit_MRevidenceentryapp/")
#install.packages('RSQLite')
#install.packages("forestly")
#devtools::install_github("elong0527/forestly")

library(RSQLite)
#library(dplyr)
library(ggplot2)
library(plotly)
## 
## Attaching package: 'plotly'
## The following object is masked from 'package:ggplot2':
## 
##     last_plot
## The following object is masked from 'package:stats':
## 
##     filter
## The following object is masked from 'package:graphics':
## 
##     layout
library(gridExtra)
library(tidyverse)
## ── Attaching packages
## ───────────────────────────────────────
## tidyverse 1.3.2 ──
## ✔ tibble  3.1.6     ✔ dplyr   1.1.0
## ✔ tidyr   1.3.0     ✔ stringr 1.5.0
## ✔ readr   2.1.2     ✔ forcats 0.5.1
## ✔ purrr   1.0.1
## Warning: package 'readr' was built under R version 4.0.5
## ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## ✖ dplyr::combine() masks gridExtra::combine()
## ✖ dplyr::filter()  masks plotly::filter(), stats::filter()
## ✖ dplyr::lag()     masks stats::lag()
library(forestploter)
## 
## Attaching package: 'forestploter'
## 
## The following object is masked from 'package:plotly':
## 
##     add_text
library(grid)
con <- dbConnect(SQLite(),'Mr_EvidenceDB')
#list tables
dbListTables(con) #list down the tables
## [1] "effectsizetype" "exposure"       "methods"        "outcome"       
## [5] "results"        "study"
result <- tbl(con, 'results')
results <- data.frame(result)

#obtain some entries from results table
results <- dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM results')
results$pmid <- as.character(results$pmid)
results
##     results_id     pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval
## 1           R1 33771188       M1     1.1200         1.080        1.1600
## 2           R2 33771188       M1     1.2100         1.180        1.2500
## 3           R3 23824655       M1     1.0400         1.012        1.0720
## 4           R4 23824655       M1     1.1260         1.114        1.1390
## 5           R5 33771188       M3     1.1100         1.050        1.1800
## 6           R6 33771188       M3     1.2300         1.130        1.3400
## 7           R7 33771188       M2     1.1100         1.070        1.1600
## 8           R8 33771188       M2     1.2300         1.170        1.2900
## 9           R9 23824653       M5     0.4900         0.187        0.7930
## 10         R10 23824655       M5     0.8920         0.475        1.3090
## 11         R11 26568383       M5     0.3050         0.130        0.4600
## 12         R12 26568383       M5     0.2900         0.100        0.4800
## 13         R13 26568383       M5     0.3850        -0.050        0.8300
## 14         R14 19470880       M5     3.8500         1.880        5.7900
## 15         R15 19470880       M5     1.7900         0.680        2.9000
## 16         R16 35074047       M2     2.2900         1.870        2.7800
## 17         R17 35694671       M2     1.4900         1.240        1.7900
## 18         R18 25712996       M5     0.1500         0.030        0.2600
## 19         R19 25712996       M5     0.1600         0.040        0.2800
## 20         R20 28678979       M5     1.6500         0.780        2.5200
## 21         R21 28678979       M5     1.3700         0.880        1.8500
## 22         R22 32712226       M5     1.1000         0.000        0.0000
## 23         R23 30462199       M1     0.1010         0.040        0.1600
## 24         R24 30462199       M4     0.0270        -0.090        0.1500
## 25         R25 30462199       M2     0.1470         0.080        0.2100
## 26         R26 30462199       M8    -0.0200        -0.320        0.2800
## 27         R27 35947639       M9    -0.3240         0.000        0.0000
## 28         R28 32636122       M5    15.5270        13.909       17.1440
## 29         R29 32636122       M5     7.2770         0.609       13.9460
## 30         R30 32636122       M5     7.4710         6.355        8.5880
## 31         R31 32636122       M5     3.2090        -0.365        6.0520
## 32         R32 25712996       M5     0.0700        -0.040        0.1800
## 33         R33 25712996       M5     0.1000        -0.010        0.2000
## 34         R34 25712996       M5     0.2300         0.060        0.4000
## 35         R35 25712996       M5     0.2100         0.040        0.3700
## 36         R36 25712996       M5     0.2100         0.090        0.3300
## 37         R37 25712996       M5     0.2100         0.120        0.3000
## 38         R38 25712996       M5     0.0100        -0.160        0.1800
## 39         R39 25712996       M5     0.0600        -0.140        0.2600
## 40         R40 28678979       M1     1.6400         1.480        1.8300
## 41         R41 30045251       M1     1.2500         0.000        0.0000
## 42         R42 30045251       M1     1.2600         0.000        0.0000
## 43         R43 31195408       M1     1.1000         1.070        1.1200
## 44         R44 31195408       M1     1.1200         1.040        1.2000
## 45         R45 31195408       M1     1.0800         0.990        1.1900
## 46         R46 33131310       M1     1.4200         1.370        1.4800
## 47         R47 33980691       M1     0.3400         0.210        0.5500
## 48         R48 33980691       M1     3.0300         2.180        4.2200
## 49         R49 35074047       M1     2.1800         1.800        2.6400
## 50         R50 35074047       M1     2.0100         1.790        2.2600
## 51         R51 35074047       M1     0.3400         0.180        0.5500
## 52         R52 35074047       M1     3.0300         2.180        4.2200
## 53         R53 35656995       M1     1.8900         1.370        2.6100
## 54         R54 35694671       M1     1.3900         1.210        1.5900
## 55         R55 35074047       M7     1.8200         1.450        2.2800
## 56         R56 35074047       M4     1.6000         1.080        2.3700
## 57         R57 33771188       M4     1.2100         1.130        1.3000
## 58         R58 33771188       M4     1.1400         1.040        1.2600
## 59         R59 35694671       M4     1.9500         1.350        2.8200
## 60         R60 28678979       M4     1.4490         1.189        1.9180
## 61         R61 28678979       M4     1.4130         1.157        1.8940
## 62         R62 34001814       M1     1.0080         1.004        1.0116
## 63         R63 34001814       M2     1.0090         1.007        1.0120
## 64         R64 34001814       M1     1.0050         1.002        1.0080
## 65         R65 34001814       M2     1.0070         1.004        1.0100
## 66         R66 35599089      M10    14.3740         0.000        0.0000
## 67         R67 35599089      M10     6.9940         0.000        0.0000
## 68         R68 35599089      M10    11.4600         0.000        0.0000
## 69         R69 35599089      M10     7.8690         0.000        0.0000
## 70         R70 35599089      M10     2.2350         0.000        0.0000
## 71         R71 35599089      M10     7.9080         0.000        0.0000
## 72         R72 34002035       M1     1.3400         1.240        1.4500
## 73         R73 34002035       M1     1.4000         1.250        1.5800
## 74         R74 34120448      M10     1.5100         1.200        1.8800
## 75         R75 34120448      M10     1.3400         1.030        1.7400
## 76         R76 34120448      M10     2.4600         1.460        4.1400
## 77         R77 34120448      M10     1.0700         0.580        1.9800
## 78         R78 34120448      M10     1.4600         0.710        2.9900
## 79         R79 34120448      M10     0.4800         0.210        1.1100
## 80         R80 24462370      M10     0.7300         0.240        1.2100
## 81         R81 24462370      M10     0.2900         0.020        0.5500
## 82         R82 31501611       M1     2.6100         2.140        3.1900
## 83         R83 31501611       M1     1.8600         1.650        2.1000
## 84         R84 31501611      M10     3.5100         2.710        4.5400
## 85         R85 31501611      M10     2.0000         1.750        2.2800
## 86         R86 32665587       M1     0.8300        -0.110        1.7700
## 87         R87 32665587       M1     0.7600        -0.190        1.7000
## 88         R88 35232963      M10     0.1450         0.116        0.1730
## 89         R89 34465205       M1     1.7700         1.530        2.0400
## 90         R90 33323262       M1     1.5500         1.370        1.7600
## 91         R91 33323262       M2     1.4000         1.260        1.5600
## 92         R92 33323262       M3     1.4300         1.260        1.6200
## 93         R93 33323262       M4     1.1000         0.820        1.4900
## 94         R94 33323262      M11     1.5500         1.420        1.6900
## 95         R95 29935421       M1     4.1720         1.928        6.6800
## 96         R96 25411050       M5    10.4300         4.820       16.0400
## 97         R97 25411050       M5     2.9700        -0.080        6.0300
## 98         R98 34333589       M1     1.1000         1.080        1.1300
## 99         R99 34333589       M1     1.6400         1.470        1.8200
## 100       R100 28317167      M10     0.5270         0.363        0.6910
## 101       R101 28317167      M10     0.4330         0.338        0.5280
## 102       R102 35186940       M1     0.9230         0.508        1.6750
## 103       R103 35186940       M2     1.4420         0.886        2.3490
## 104       R104 35186940       M4     0.1770         0.028        1.1290
## 105       R105 35186940      M12     2.0420         1.439        3.3670
## 106       R106 35186940       M1     0.8530         0.582        1.2500
## 107       R107 35186940       M2     0.8490         0.647        1.1130
## 108       R108 35186940       M4     0.1420         0.044        0.4570
## 109       R109 35186940      M12     1.5860         1.235        1.9180
## 110       R110 34322150      M13     0.0080         0.000        0.0000
## 111       R111 34322150      M14     0.1040         0.000        0.0000
## 112       R112 34322150       M4     0.0149         0.000        0.0000
## 113       R113 34322150      M15     0.0136         0.000        0.0000
## 114       R114 34322150      M16     0.0143         0.000        0.0000
## 115       R115 34322150      M17     0.0163         0.000        0.0000
## 116       R116 34322150      M18     0.0163         0.000        0.0000
##          pvalue exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error
## 1     6.260e-11         E4        O5               ID1             NA
## 2     4.380e-35         E5        O5               ID1             NA
## 3     5.500e-03         E2        O1               ID1             NA
## 4    2.500e-100         E2        O2               ID1             NA
## 5     1.320e-02         E4        O5               ID1             NA
## 6     1.480e-05         E5        O5               ID1             NA
## 7     8.180e-07         E4        O5               ID1             NA
## 8     9.330e-18         E5        O5               ID1             NA
## 9     2.000e-03         E2        O7               ID4             NA
## 10    2.500e-05         E2        O6               ID4             NA
## 11   -2.000e-02         E1        O6               ID2             NA
## 12    2.000e-03         E1        O6               ID2             NA
## 13    8.600e-02         E1        O6               ID2             NA
## 14    2.000e-04         E1        O6               ID2             NA
## 15    2.000e-03         E1        O7               ID2             NA
## 16    2.000e-15         E1        O3               ID1             NA
## 17    2.450e-05        E10        O4               ID1             NA
## 18    1.000e-02         E2        O7               ID4             NA
## 19    1.000e-02         E2        O6               ID4             NA
## 20    2.000e-04        E13        O6               ID4             NA
## 21    3.600e-08        E13        O7               ID4             NA
## 22    4.000e-03         E1        O8               ID4         0.4000
## 23    1.000e-03         E1        O6               ID4         0.0310
## 24    6.580e-01         E1        O6               ID4         0.0620
## 25    1.000e-03         E1        O6               ID4         0.0320
## 26    3.250e-01         E1        O6               ID4         0.1540
## 27    1.000e-03         E1        O7               ID4         0.0000
## 28    5.660e-79         E1        O6               ID4         0.0000
## 29    3.200e-02         E3        O6               ID4         0.0000
## 30    2.730e-39         E1        O7               ID4         0.0000
## 31    5.300e-02         E3        O7               ID4         0.0000
## 32    2.400e-01         E2        O7               ID4         0.0000
## 33    6.000e-02         E2        O6               ID4         0.0000
## 34    0.000e+00         E2        O7               ID4         0.0000
## 35    0.000e+00         E2        O6               ID4         0.0000
## 36    8.000e-04         E2        O7               ID4         0.0000
## 37    2.500e-06         E2        O6               ID4         0.0000
## 38    9.300e-01         E2        O7               ID4         0.0000
## 39    5.600e-01         E2        O6               ID4         0.0000
## 40    1.100e-19         E1        O3               ID1         0.0000
## 41    2.500e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 42    2.700e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 43    3.400e-16         E1       O11               ID1         0.0000
## 44    1.500e-03         E6       O11               ID1         0.0000
## 45    9.000e-02         E7       O11               ID1         0.0000
## 46    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 47    1.000e-05         E8        O3               ID1         0.0000
## 48    5.000e-11         E9        O3               ID1         0.0000
## 49    2.000e-11         E1        O3               ID1         0.0000
## 50    6.000e-29        E11        O3               ID1         0.0000
## 51    1.000e-04         E8        O3               ID1         0.0000
## 52    2.000e-07         E9        O3               ID1         0.0000
## 53    0.000e+00         E1       O10               ID1         0.0000
## 54    2.460e-06        E10        O4               ID1         0.0000
## 55    2.000e-07         E1        O3               ID1         0.0000
## 56    2.200e-02         E1        O3               ID1        -0.0300
## 57    2.890e-03         E4        O5               ID1        -0.0500
## 58    8.200e-03         E5        O5               ID1         0.0000
## 59    3.840e-03        E10        O4               ID1         0.0000
## 60    1.000e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 61    2.000e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 62    1.000e-03         E4        O5               ID1         0.0000
## 63    1.020e-10         E4        O5               ID1         0.0000
## 64    1.000e-03         E4        O5               ID1         0.0000
## 65    5.650e-07         E4        O5               ID1         0.0000
## 66   4.230e-158         E1        O6               ID4         0.5070
## 67    9.370e-18        E14        O6               ID4         0.8100
## 68    1.490e-50        E11        O6               ID4         0.7530
## 69    2.170e-87         E1        O7               ID4         0.3850
## 70    1.580e-04        E14        O7               ID4         0.5910
## 71    3.870e-46        E11        O7               ID4         0.5460
## 72    0.000e+00         E1        O6               ID1         0.0000
## 73    0.000e+00         E3        O6               ID1         0.0000
## 74    3.000e-03         E1        O2               ID1         0.0000
## 75    2.900e-02         E1        O1               ID1         0.0000
## 76    1.000e-03         E3        O2               ID1         0.0000
## 77    8.200e-01         E3        O1               ID1         0.0000
## 78    2.740e-01        E11        O2               ID1         0.0000
## 79    7.900e-02        E11        O1               ID1         0.0000
## 80    3.300e-03         E1        O6               ID4         0.0000
## 81    3.300e-02         E1        O7               ID4         0.0000
## 82   -4.000e-02        E15        O3               ID1         0.0000
## 83    1.400e-24        E15        O3               ID1         0.0000
## 84    2.500e-21        E15        O3               ID1         0.0000
## 85    4.500e-24        E15        O3               ID1         0.0000
## 86    8.250e-02         E1        O3               ID5         0.0000
## 87    1.170e-01         E1        O3               ID5         0.0000
## 88    4.200e-22         E1        O7               ID5         0.0000
## 89    6.300e-15         E4        O3               ID1         0.0000
## 90    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 91    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 92    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 93    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 94    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 95    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 96    0.000e+00         E1        O6               ID2         0.0000
## 97    0.000e+00         E1        O7               ID2         0.0000
## 98    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 99    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 100   0.000e+00         E1        O6               ID4         0.0000
## 101   1.000e-10         E1        O7               ID4         0.0000
## 102   7.500e-01        E15        O6               ID1         0.0000
## 103   1.400e-01        E15        O6               ID1         0.0000
## 104   6.800e-02        E15        O1               ID1         0.0000
## 105   1.900e-04        E15        O6               ID1         0.0000
## 106   4.200e-01        E15        O7               ID1         0.0000
## 107   2.400e-01        E15        O7               ID1         0.0000
## 108   1.200e-03        E15        O7               ID1         0.0000
## 109   1.100e-03        E15        O7               ID1         0.0000
## 110   1.162e-01         E1        O6               ID4         0.0051
## 111   4.200e-03         E1        O6               ID4         0.0036
## 112   1.301e-01         E1        O6               ID4         0.0098
## 113   2.280e-01         E1        O6               ID4         0.0110
## 114   1.330e-01         E1        O6               ID4         0.0091
## 115   2.440e-02         E1        O6               ID4         0.0067
## 116   2.480e-02         E1        O6               ID4         0.0067
##                 strata
## 1                 <NA>
## 2                 <NA>
## 3                 <NA>
## 4                 <NA>
## 5                 <NA>
## 6                 <NA>
## 7                 <NA>
## 8                 <NA>
## 9                 <NA>
## 10                <NA>
## 11                <NA>
## 12                <NA>
## 13                <NA>
## 14                <NA>
## 15                <NA>
## 16                <NA>
## 17                <NA>
## 18                <NA>
## 19                <NA>
## 20                <NA>
## 21                <NA>
## 22                <NA>
## 23                <NA>
## 24                <NA>
## 25                <NA>
## 26                <NA>
## 27                <NA>
## 28                <NA>
## 29                <NA>
## 30                <NA>
## 31                <NA>
## 32               women
## 33               women
## 34                 men
## 35                 men
## 36   less than 55years
## 37  less than 55 years
## 38  more than 55 years
## 39  more than 55 years
## 40                    
## 41                    
## 42                    
## 43                    
## 44                    
## 45                    
## 46                    
## 47                    
## 48                    
## 49                    
## 50                    
## 51                    
## 52                    
## 53                    
## 54                    
## 55                    
## 56                    
## 57                    
## 58                    
## 59                    
## 60                    
## 61                    
## 62                    
## 63                    
## 64                    
## 65                    
## 66                    
## 67                    
## 68                    
## 69                    
## 70                    
## 71                    
## 72                    
## 73                    
## 74                    
## 75                    
## 76                    
## 77                    
## 78                    
## 79                    
## 80                    
## 81                    
## 82             females
## 83               Males
## 84             Females
## 85               Males
## 86            siblings
## 87                    
## 88                    
## 89                    
## 90                    
## 91                    
## 92                    
## 93                    
## 94                    
## 95                    
## 96                    
## 97                    
## 98                    
## 99                    
## 100                   
## 101                   
## 102                   
## 103                   
## 104                   
## 105                   
## 106                   
## 107                   
## 108                   
## 109                   
## 110                   
## 111                   
## 112                   
## 113                   
## 114                   
## 115                   
## 116
#exposure
exposure <- tbl(con, 'exposure')
exposure <- data.frame(exposure)
colnames(exposure) <- c("exposurename","exposureid")
exposure
##        exposurename exposureid
## 1               BMI         E1
## 2         Adiposity         E2
## 3               WHR         E3
## 4      childhoodBMI         E4
## 5          adultBMI         E5
## 6      fatmassindex         E6
## 7  fatfreemassindex         E7
## 8                FA         E8
## 9               UFA         E9
## 10          obesity        E10
## 11         bodyfat%        E11
## 12          BMIWGRS        E12
## 13           BMIGRS        E13
## 14             WHtR        E14
## 15              VAT        E15
#outcome
outcome <- tbl(con, 'outcome')
outcome <- data.frame(outcome)
colnames(outcome) <- c("outcomename","outcomeid") #rename the columns
outcome
##                   outcomename outcomeid
## 1       incident hypertension        O1
## 2           ever hypertension        O2
## 3                hypertension        O3
## 4    gestational hypertension        O4
## 5      essential hypertension        O5
## 6                         SBP        O6
## 7                         DBP        O7
## 8                         PAP        O8
## 9               PVremodelling        O9
## 10 Grade1diastolicdysfunction       O10
## 11      arterial hypertension       O11
#merging two dataframes results and exposure
results_exposure <- merge(results, exposure,by.x = "exposureid",by.y = "exposureid")
#merge the above dataframe and outcome
results_exposure_outcome <- merge(results_exposure,outcome, by.x = "outcomeid",by.y = "outcomeid")
results_exposure_outcome
##     outcomeid exposureid results_id     pmid methodid effectsize lowerinterval
## 1          O1        E15       R104 35186940       M4     0.1770         0.028
## 2          O1         E1        R75 34120448      M10     1.3400         1.030
## 3          O1         E3        R77 34120448      M10     1.0700         0.580
## 4          O1         E2         R3 23824655       M1     1.0400         1.012
## 5          O1        E11        R79 34120448      M10     0.4800         0.210
## 6         O10         E1        R53 35656995       M1     1.8900         1.370
## 7         O11         E7        R45 31195408       M1     1.0800         0.990
## 8         O11         E6        R44 31195408       M1     1.1200         1.040
## 9         O11         E1        R43 31195408       M1     1.1000         1.070
## 10         O2         E1        R74 34120448      M10     1.5100         1.200
## 11         O2         E2         R4 23824655       M1     1.1260         1.114
## 12         O2        E11        R78 34120448      M10     1.4600         0.710
## 13         O2         E3        R76 34120448      M10     2.4600         1.460
## 14         O3         E1        R91 33323262       M2     1.4000         1.260
## 15         O3         E1        R16 35074047       M2     2.2900         1.870
## 16         O3         E1        R56 35074047       M4     1.6000         1.080
## 17         O3         E1        R95 29935421       M1     4.1720         1.928
## 18         O3         E1        R49 35074047       M1     2.1800         1.800
## 19         O3         E1        R94 33323262      M11     1.5500         1.420
## 20         O3        E15        R82 31501611       M1     2.6100         2.140
## 21         O3        E15        R83 31501611       M1     1.8600         1.650
## 22         O3         E1        R40 28678979       M1     1.6400         1.480
## 23         O3         E1        R46 33131310       M1     1.4200         1.370
## 24         O3         E1        R98 34333589       M1     1.1000         1.080
## 25         O3         E1        R86 32665587       M1     0.8300        -0.110
## 26         O3        E15        R85 31501611      M10     2.0000         1.750
## 27         O3         E1        R92 33323262       M3     1.4300         1.260
## 28         O3         E1        R55 35074047       M7     1.8200         1.450
## 29         O3         E1        R90 33323262       M1     1.5500         1.370
## 30         O3        E13        R61 28678979       M4     1.4130         1.157
## 31         O3         E9        R52 35074047       M1     3.0300         2.180
## 32         O3         E1        R93 33323262       M4     1.1000         0.820
## 33         O3        E11        R50 35074047       M1     2.0100         1.790
## 34         O3         E1        R99 34333589       M1     1.6400         1.470
## 35         O3        E13        R42 30045251       M1     1.2600         0.000
## 36         O3        E13        R60 28678979       M4     1.4490         1.189
## 37         O3        E13        R41 30045251       M1     1.2500         0.000
## 38         O3        E15        R84 31501611      M10     3.5100         2.710
## 39         O3         E9        R48 33980691       M1     3.0300         2.180
## 40         O3         E1        R87 32665587       M1     0.7600        -0.190
## 41         O3         E4        R89 34465205       M1     1.7700         1.530
## 42         O3         E8        R47 33980691       M1     0.3400         0.210
## 43         O3         E8        R51 35074047       M1     0.3400         0.180
## 44         O4        E10        R17 35694671       M2     1.4900         1.240
## 45         O4        E10        R59 35694671       M4     1.9500         1.350
## 46         O4        E10        R54 35694671       M1     1.3900         1.210
## 47         O5         E4        R63 34001814       M2     1.0090         1.007
## 48         O5         E4        R65 34001814       M2     1.0070         1.004
## 49         O5         E5         R2 33771188       M1     1.2100         1.180
## 50         O5         E5        R58 33771188       M4     1.1400         1.040
## 51         O5         E5         R8 33771188       M2     1.2300         1.170
## 52         O5         E5         R6 33771188       M3     1.2300         1.130
## 53         O5         E4         R1 33771188       M1     1.1200         1.080
## 54         O5         E4        R62 34001814       M1     1.0080         1.004
## 55         O5         E4         R7 33771188       M2     1.1100         1.070
## 56         O5         E4        R64 34001814       M1     1.0050         1.002
## 57         O5         E4         R5 33771188       M3     1.1100         1.050
## 58         O5         E4        R57 33771188       M4     1.2100         1.130
## 59         O6         E1        R14 19470880       M5     3.8500         1.880
## 60         O6         E1       R111 34322150      M14     0.1040         0.000
## 61         O6         E1       R116 34322150      M18     0.0163         0.000
## 62         O6         E1        R96 25411050       M5    10.4300         4.820
## 63         O6         E1        R80 24462370      M10     0.7300         0.240
## 64         O6         E1        R72 34002035       M1     1.3400         1.240
## 65         O6         E1       R112 34322150       M4     0.0149         0.000
## 66         O6         E1       R114 34322150      M16     0.0143         0.000
## 67         O6         E1        R28 32636122       M5    15.5270        13.909
## 68         O6         E1        R11 26568383       M5     0.3050         0.130
## 69         O6         E1        R12 26568383       M5     0.2900         0.100
## 70         O6         E1        R13 26568383       M5     0.3850        -0.050
## 71         O6         E1        R66 35599089      M10    14.3740         0.000
## 72         O6         E1       R110 34322150      M13     0.0080         0.000
## 73         O6         E1       R115 34322150      M17     0.0163         0.000
## 74         O6         E3        R73 34002035       M1     1.4000         1.250
## 75         O6         E1       R100 28317167      M10     0.5270         0.363
## 76         O6        E11        R68 35599089      M10    11.4600         0.000
## 77         O6         E1        R24 30462199       M4     0.0270        -0.090
## 78         O6         E2        R33 25712996       M5     0.1000        -0.010
## 79         O6         E1        R26 30462199       M8    -0.0200        -0.320
## 80         O6         E1        R23 30462199       M1     0.1010         0.040
## 81         O6        E14        R67 35599089      M10     6.9940         0.000
## 82         O6         E1        R25 30462199       M2     0.1470         0.080
## 83         O6         E1       R113 34322150      M15     0.0136         0.000
## 84         O6        E15       R103 35186940       M2     1.4420         0.886
## 85         O6         E2        R35 25712996       M5     0.2100         0.040
## 86         O6        E15       R105 35186940      M12     2.0420         1.439
## 87         O6         E2        R10 23824655       M5     0.8920         0.475
## 88         O6         E3        R29 32636122       M5     7.2770         0.609
## 89         O6         E2        R39 25712996       M5     0.0600        -0.140
## 90         O6        E15       R102 35186940       M1     0.9230         0.508
## 91         O6         E2        R37 25712996       M5     0.2100         0.120
## 92         O6        E13        R20 28678979       M5     1.6500         0.780
## 93         O6         E2        R19 25712996       M5     0.1600         0.040
## 94         O7         E1        R81 24462370      M10     0.2900         0.020
## 95         O7        E13        R21 28678979       M5     1.3700         0.880
## 96         O7         E1        R88 35232963      M10     0.1450         0.116
## 97         O7         E1        R69 35599089      M10     7.8690         0.000
## 98         O7         E2         R9 23824653       M5     0.4900         0.187
## 99         O7         E1       R101 28317167      M10     0.4330         0.338
## 100        O7         E2        R38 25712996       M5     0.0100        -0.160
## 101        O7         E1        R15 19470880       M5     1.7900         0.680
## 102        O7         E1        R97 25411050       M5     2.9700        -0.080
## 103        O7         E3        R31 32636122       M5     3.2090        -0.365
## 104        O7        E15       R106 35186940       M1     0.8530         0.582
## 105        O7        E14        R70 35599089      M10     2.2350         0.000
## 106        O7        E15       R108 35186940       M4     0.1420         0.044
## 107        O7        E15       R109 35186940      M12     1.5860         1.235
## 108        O7         E1        R30 32636122       M5     7.4710         6.355
## 109        O7         E1        R27 35947639       M9    -0.3240         0.000
## 110        O7         E2        R36 25712996       M5     0.2100         0.090
## 111        O7         E2        R32 25712996       M5     0.0700        -0.040
## 112        O7         E2        R18 25712996       M5     0.1500         0.030
## 113        O7        E11        R71 35599089      M10     7.9080         0.000
## 114        O7        E15       R107 35186940       M2     0.8490         0.647
## 115        O7         E2        R34 25712996       M5     0.2300         0.060
## 116        O8         E1        R22 32712226       M5     1.1000         0.000
##     upperinterval      pvalue effectsizetype_id standard_error
## 1          1.1290   6.800e-02               ID1         0.0000
## 2          1.7400   2.900e-02               ID1         0.0000
## 3          1.9800   8.200e-01               ID1         0.0000
## 4          1.0720   5.500e-03               ID1             NA
## 5          1.1100   7.900e-02               ID1         0.0000
## 6          2.6100   0.000e+00               ID1         0.0000
## 7          1.1900   9.000e-02               ID1         0.0000
## 8          1.2000   1.500e-03               ID1         0.0000
## 9          1.1200   3.400e-16               ID1         0.0000
## 10         1.8800   3.000e-03               ID1         0.0000
## 11         1.1390  2.500e-100               ID1             NA
## 12         2.9900   2.740e-01               ID1         0.0000
## 13         4.1400   1.000e-03               ID1         0.0000
## 14         1.5600   0.000e+00               ID1         0.0000
## 15         2.7800   2.000e-15               ID1             NA
## 16         2.3700   2.200e-02               ID1        -0.0300
## 17         6.6800   0.000e+00               ID1         0.0000
## 18         2.6400   2.000e-11               ID1         0.0000
## 19         1.6900   0.000e+00               ID1         0.0000
## 20         3.1900  -4.000e-02               ID1         0.0000
## 21         2.1000   1.400e-24               ID1         0.0000
## 22         1.8300   1.100e-19               ID1         0.0000
## 23         1.4800   0.000e+00               ID1         0.0000
## 24         1.1300   0.000e+00               ID1         0.0000
## 25         1.7700   8.250e-02               ID5         0.0000
## 26         2.2800   4.500e-24               ID1         0.0000
## 27         1.6200   0.000e+00               ID1         0.0000
## 28         2.2800   2.000e-07               ID1         0.0000
## 29         1.7600   0.000e+00               ID1         0.0000
## 30         1.8940   2.000e-02               ID1         0.0000
## 31         4.2200   2.000e-07               ID1         0.0000
## 32         1.4900   0.000e+00               ID1         0.0000
## 33         2.2600   6.000e-29               ID1         0.0000
## 34         1.8200   0.000e+00               ID1         0.0000
## 35         0.0000   2.700e-02               ID1         0.0000
## 36         1.9180   1.000e-02               ID1         0.0000
## 37         0.0000   2.500e-02               ID1         0.0000
## 38         4.5400   2.500e-21               ID1         0.0000
## 39         4.2200   5.000e-11               ID1         0.0000
## 40         1.7000   1.170e-01               ID5         0.0000
## 41         2.0400   6.300e-15               ID1         0.0000
## 42         0.5500   1.000e-05               ID1         0.0000
## 43         0.5500   1.000e-04               ID1         0.0000
## 44         1.7900   2.450e-05               ID1             NA
## 45         2.8200   3.840e-03               ID1         0.0000
## 46         1.5900   2.460e-06               ID1         0.0000
## 47         1.0120   1.020e-10               ID1         0.0000
## 48         1.0100   5.650e-07               ID1         0.0000
## 49         1.2500   4.380e-35               ID1             NA
## 50         1.2600   8.200e-03               ID1         0.0000
## 51         1.2900   9.330e-18               ID1             NA
## 52         1.3400   1.480e-05               ID1             NA
## 53         1.1600   6.260e-11               ID1             NA
## 54         1.0116   1.000e-03               ID1         0.0000
## 55         1.1600   8.180e-07               ID1             NA
## 56         1.0080   1.000e-03               ID1         0.0000
## 57         1.1800   1.320e-02               ID1             NA
## 58         1.3000   2.890e-03               ID1        -0.0500
## 59         5.7900   2.000e-04               ID2             NA
## 60         0.0000   4.200e-03               ID4         0.0036
## 61         0.0000   2.480e-02               ID4         0.0067
## 62        16.0400   0.000e+00               ID2         0.0000
## 63         1.2100   3.300e-03               ID4         0.0000
## 64         1.4500   0.000e+00               ID1         0.0000
## 65         0.0000   1.301e-01               ID4         0.0098
## 66         0.0000   1.330e-01               ID4         0.0091
## 67        17.1440   5.660e-79               ID4         0.0000
## 68         0.4600  -2.000e-02               ID2             NA
## 69         0.4800   2.000e-03               ID2             NA
## 70         0.8300   8.600e-02               ID2             NA
## 71         0.0000  4.230e-158               ID4         0.5070
## 72         0.0000   1.162e-01               ID4         0.0051
## 73         0.0000   2.440e-02               ID4         0.0067
## 74         1.5800   0.000e+00               ID1         0.0000
## 75         0.6910   0.000e+00               ID4         0.0000
## 76         0.0000   1.490e-50               ID4         0.7530
## 77         0.1500   6.580e-01               ID4         0.0620
## 78         0.2000   6.000e-02               ID4         0.0000
## 79         0.2800   3.250e-01               ID4         0.1540
## 80         0.1600   1.000e-03               ID4         0.0310
## 81         0.0000   9.370e-18               ID4         0.8100
## 82         0.2100   1.000e-03               ID4         0.0320
## 83         0.0000   2.280e-01               ID4         0.0110
## 84         2.3490   1.400e-01               ID1         0.0000
## 85         0.3700   0.000e+00               ID4         0.0000
## 86         3.3670   1.900e-04               ID1         0.0000
## 87         1.3090   2.500e-05               ID4             NA
## 88        13.9460   3.200e-02               ID4         0.0000
## 89         0.2600   5.600e-01               ID4         0.0000
## 90         1.6750   7.500e-01               ID1         0.0000
## 91         0.3000   2.500e-06               ID4         0.0000
## 92         2.5200   2.000e-04               ID4             NA
## 93         0.2800   1.000e-02               ID4             NA
## 94         0.5500   3.300e-02               ID4         0.0000
## 95         1.8500   3.600e-08               ID4             NA
## 96         0.1730   4.200e-22               ID5         0.0000
## 97         0.0000   2.170e-87               ID4         0.3850
## 98         0.7930   2.000e-03               ID4             NA
## 99         0.5280   1.000e-10               ID4         0.0000
## 100        0.1800   9.300e-01               ID4         0.0000
## 101        2.9000   2.000e-03               ID2             NA
## 102        6.0300   0.000e+00               ID2         0.0000
## 103        6.0520   5.300e-02               ID4         0.0000
## 104        1.2500   4.200e-01               ID1         0.0000
## 105        0.0000   1.580e-04               ID4         0.5910
## 106        0.4570   1.200e-03               ID1         0.0000
## 107        1.9180   1.100e-03               ID1         0.0000
## 108        8.5880   2.730e-39               ID4         0.0000
## 109        0.0000   1.000e-03               ID4         0.0000
## 110        0.3300   8.000e-04               ID4         0.0000
## 111        0.1800   2.400e-01               ID4         0.0000
## 112        0.2600   1.000e-02               ID4             NA
## 113        0.0000   3.870e-46               ID4         0.5460
## 114        1.1130   2.400e-01               ID1         0.0000
## 115        0.4000   0.000e+00               ID4         0.0000
## 116        0.0000   4.000e-03               ID4         0.4000
##                 strata     exposurename                outcomename
## 1                                   VAT      incident hypertension
## 2                                   BMI      incident hypertension
## 3                                   WHR      incident hypertension
## 4                 <NA>        Adiposity      incident hypertension
## 5                              bodyfat%      incident hypertension
## 6                                   BMI Grade1diastolicdysfunction
## 7                      fatfreemassindex      arterial hypertension
## 8                          fatmassindex      arterial hypertension
## 9                                   BMI      arterial hypertension
## 10                                  BMI          ever hypertension
## 11                <NA>        Adiposity          ever hypertension
## 12                             bodyfat%          ever hypertension
## 13                                  WHR          ever hypertension
## 14                                  BMI               hypertension
## 15                <NA>              BMI               hypertension
## 16                                  BMI               hypertension
## 17                                  BMI               hypertension
## 18                                  BMI               hypertension
## 19                                  BMI               hypertension
## 20             females              VAT               hypertension
## 21               Males              VAT               hypertension
## 22                                  BMI               hypertension
## 23                                  BMI               hypertension
## 24                                  BMI               hypertension
## 25            siblings              BMI               hypertension
## 26               Males              VAT               hypertension
## 27                                  BMI               hypertension
## 28                                  BMI               hypertension
## 29                                  BMI               hypertension
## 30                               BMIGRS               hypertension
## 31                                  UFA               hypertension
## 32                                  BMI               hypertension
## 33                             bodyfat%               hypertension
## 34                                  BMI               hypertension
## 35                               BMIGRS               hypertension
## 36                               BMIGRS               hypertension
## 37                               BMIGRS               hypertension
## 38             Females              VAT               hypertension
## 39                                  UFA               hypertension
## 40                                  BMI               hypertension
## 41                         childhoodBMI               hypertension
## 42                                   FA               hypertension
## 43                                   FA               hypertension
## 44                <NA>          obesity   gestational hypertension
## 45                              obesity   gestational hypertension
## 46                              obesity   gestational hypertension
## 47                         childhoodBMI     essential hypertension
## 48                         childhoodBMI     essential hypertension
## 49                <NA>         adultBMI     essential hypertension
## 50                             adultBMI     essential hypertension
## 51                <NA>         adultBMI     essential hypertension
## 52                <NA>         adultBMI     essential hypertension
## 53                <NA>     childhoodBMI     essential hypertension
## 54                         childhoodBMI     essential hypertension
## 55                <NA>     childhoodBMI     essential hypertension
## 56                         childhoodBMI     essential hypertension
## 57                <NA>     childhoodBMI     essential hypertension
## 58                         childhoodBMI     essential hypertension
## 59                <NA>              BMI                        SBP
## 60                                  BMI                        SBP
## 61                                  BMI                        SBP
## 62                                  BMI                        SBP
## 63                                  BMI                        SBP
## 64                                  BMI                        SBP
## 65                                  BMI                        SBP
## 66                                  BMI                        SBP
## 67                <NA>              BMI                        SBP
## 68                <NA>              BMI                        SBP
## 69                <NA>              BMI                        SBP
## 70                <NA>              BMI                        SBP
## 71                                  BMI                        SBP
## 72                                  BMI                        SBP
## 73                                  BMI                        SBP
## 74                                  WHR                        SBP
## 75                                  BMI                        SBP
## 76                             bodyfat%                        SBP
## 77                <NA>              BMI                        SBP
## 78               women        Adiposity                        SBP
## 79                <NA>              BMI                        SBP
## 80                <NA>              BMI                        SBP
## 81                                 WHtR                        SBP
## 82                <NA>              BMI                        SBP
## 83                                  BMI                        SBP
## 84                                  VAT                        SBP
## 85                 men        Adiposity                        SBP
## 86                                  VAT                        SBP
## 87                <NA>        Adiposity                        SBP
## 88                <NA>              WHR                        SBP
## 89  more than 55 years        Adiposity                        SBP
## 90                                  VAT                        SBP
## 91  less than 55 years        Adiposity                        SBP
## 92                <NA>           BMIGRS                        SBP
## 93                <NA>        Adiposity                        SBP
## 94                                  BMI                        DBP
## 95                <NA>           BMIGRS                        DBP
## 96                                  BMI                        DBP
## 97                                  BMI                        DBP
## 98                <NA>        Adiposity                        DBP
## 99                                  BMI                        DBP
## 100 more than 55 years        Adiposity                        DBP
## 101               <NA>              BMI                        DBP
## 102                                 BMI                        DBP
## 103               <NA>              WHR                        DBP
## 104                                 VAT                        DBP
## 105                                WHtR                        DBP
## 106                                 VAT                        DBP
## 107                                 VAT                        DBP
## 108               <NA>              BMI                        DBP
## 109               <NA>              BMI                        DBP
## 110  less than 55years        Adiposity                        DBP
## 111              women        Adiposity                        DBP
## 112               <NA>        Adiposity                        DBP
## 113                            bodyfat%                        DBP
## 114                                 VAT                        DBP
## 115                men        Adiposity                        DBP
## 116               <NA>              BMI                        PAP

#odds ratio (ID1)

p1 <- results %>% 
  group_by(pmid) %>% 
  filter(effectsizetype_id=="ID1") %>% 
  ggplot(aes(y=fct_rev(as.character(pmid)),x=effectsize,xmin=lowerinterval,xmax=upperinterval)) +
  geom_point(aes(color=methodid)) +
  geom_errorbarh(height=.1) +
  labs(title='Effect Size by study', x='Odds Ratio', y = 'Study_PMID') +
  geom_vline(xintercept=1, color='black', linetype='dashed', alpha=.5) +
  facet_wrap(vars(pmid))+
  theme_classic()
ggplotly(p1)
## Warning: `gather_()` was deprecated in tidyr 1.2.0.
## ℹ Please use `gather()` instead.
## ℹ The deprecated feature was likely used in the plotly package.
##   Please report the issue at <https://github.com/plotly/plotly.R/issues>.

#mean difference(ID2)

class(results$pmid)
## [1] "character"
P2 <- results_exposure_outcome %>% 
  filter(effectsizetype_id=="ID2") %>% 
  ggplot(aes(y=pmid,x=effectsize,xmin=lowerinterval,xmax=upperinterval)) +
  geom_point(aes(color=pmid)) +
  geom_errorbarh(height=.1) +
  labs(title='Effect Size by results', x='Mean difference', y = 'PMID') +
  geom_vline(xintercept=0, color='black', linetype='dashed', alpha=.5) +
  theme_classic()
P2+facet_grid(outcomeid ~ exposureid)

#ggplotly(P2)
#A plot showing odds ratios filtered by outcome
P3 <- results_exposure_outcome %>% 
  filter(effectsizetype_id=="ID1") %>% 
  ggplot(aes(y=pmid,x=effectsize,xmin=lowerinterval,xmax=upperinterval)) +
  geom_point(aes(color=exposurename)) +
  geom_errorbarh(height=.2) +
  labs(title='Effect Size by results', x='Odds ratio', y = 'PMID') +
  geom_vline(xintercept=1, color='black', linetype='dashed', alpha=.5) +
  theme_classic()
P3+facet_grid(outcomename ~ exposurename)

#ggplotly(P3)
# Make forest plot using forestploter -------------------------------------
dt <- dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM results')
dt
##     results_id     pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval
## 1           R1 33771188       M1     1.1200         1.080        1.1600
## 2           R2 33771188       M1     1.2100         1.180        1.2500
## 3           R3 23824655       M1     1.0400         1.012        1.0720
## 4           R4 23824655       M1     1.1260         1.114        1.1390
## 5           R5 33771188       M3     1.1100         1.050        1.1800
## 6           R6 33771188       M3     1.2300         1.130        1.3400
## 7           R7 33771188       M2     1.1100         1.070        1.1600
## 8           R8 33771188       M2     1.2300         1.170        1.2900
## 9           R9 23824653       M5     0.4900         0.187        0.7930
## 10         R10 23824655       M5     0.8920         0.475        1.3090
## 11         R11 26568383       M5     0.3050         0.130        0.4600
## 12         R12 26568383       M5     0.2900         0.100        0.4800
## 13         R13 26568383       M5     0.3850        -0.050        0.8300
## 14         R14 19470880       M5     3.8500         1.880        5.7900
## 15         R15 19470880       M5     1.7900         0.680        2.9000
## 16         R16 35074047       M2     2.2900         1.870        2.7800
## 17         R17 35694671       M2     1.4900         1.240        1.7900
## 18         R18 25712996       M5     0.1500         0.030        0.2600
## 19         R19 25712996       M5     0.1600         0.040        0.2800
## 20         R20 28678979       M5     1.6500         0.780        2.5200
## 21         R21 28678979       M5     1.3700         0.880        1.8500
## 22         R22 32712226       M5     1.1000         0.000        0.0000
## 23         R23 30462199       M1     0.1010         0.040        0.1600
## 24         R24 30462199       M4     0.0270        -0.090        0.1500
## 25         R25 30462199       M2     0.1470         0.080        0.2100
## 26         R26 30462199       M8    -0.0200        -0.320        0.2800
## 27         R27 35947639       M9    -0.3240         0.000        0.0000
## 28         R28 32636122       M5    15.5270        13.909       17.1440
## 29         R29 32636122       M5     7.2770         0.609       13.9460
## 30         R30 32636122       M5     7.4710         6.355        8.5880
## 31         R31 32636122       M5     3.2090        -0.365        6.0520
## 32         R32 25712996       M5     0.0700        -0.040        0.1800
## 33         R33 25712996       M5     0.1000        -0.010        0.2000
## 34         R34 25712996       M5     0.2300         0.060        0.4000
## 35         R35 25712996       M5     0.2100         0.040        0.3700
## 36         R36 25712996       M5     0.2100         0.090        0.3300
## 37         R37 25712996       M5     0.2100         0.120        0.3000
## 38         R38 25712996       M5     0.0100        -0.160        0.1800
## 39         R39 25712996       M5     0.0600        -0.140        0.2600
## 40         R40 28678979       M1     1.6400         1.480        1.8300
## 41         R41 30045251       M1     1.2500         0.000        0.0000
## 42         R42 30045251       M1     1.2600         0.000        0.0000
## 43         R43 31195408       M1     1.1000         1.070        1.1200
## 44         R44 31195408       M1     1.1200         1.040        1.2000
## 45         R45 31195408       M1     1.0800         0.990        1.1900
## 46         R46 33131310       M1     1.4200         1.370        1.4800
## 47         R47 33980691       M1     0.3400         0.210        0.5500
## 48         R48 33980691       M1     3.0300         2.180        4.2200
## 49         R49 35074047       M1     2.1800         1.800        2.6400
## 50         R50 35074047       M1     2.0100         1.790        2.2600
## 51         R51 35074047       M1     0.3400         0.180        0.5500
## 52         R52 35074047       M1     3.0300         2.180        4.2200
## 53         R53 35656995       M1     1.8900         1.370        2.6100
## 54         R54 35694671       M1     1.3900         1.210        1.5900
## 55         R55 35074047       M7     1.8200         1.450        2.2800
## 56         R56 35074047       M4     1.6000         1.080        2.3700
## 57         R57 33771188       M4     1.2100         1.130        1.3000
## 58         R58 33771188       M4     1.1400         1.040        1.2600
## 59         R59 35694671       M4     1.9500         1.350        2.8200
## 60         R60 28678979       M4     1.4490         1.189        1.9180
## 61         R61 28678979       M4     1.4130         1.157        1.8940
## 62         R62 34001814       M1     1.0080         1.004        1.0116
## 63         R63 34001814       M2     1.0090         1.007        1.0120
## 64         R64 34001814       M1     1.0050         1.002        1.0080
## 65         R65 34001814       M2     1.0070         1.004        1.0100
## 66         R66 35599089      M10    14.3740         0.000        0.0000
## 67         R67 35599089      M10     6.9940         0.000        0.0000
## 68         R68 35599089      M10    11.4600         0.000        0.0000
## 69         R69 35599089      M10     7.8690         0.000        0.0000
## 70         R70 35599089      M10     2.2350         0.000        0.0000
## 71         R71 35599089      M10     7.9080         0.000        0.0000
## 72         R72 34002035       M1     1.3400         1.240        1.4500
## 73         R73 34002035       M1     1.4000         1.250        1.5800
## 74         R74 34120448      M10     1.5100         1.200        1.8800
## 75         R75 34120448      M10     1.3400         1.030        1.7400
## 76         R76 34120448      M10     2.4600         1.460        4.1400
## 77         R77 34120448      M10     1.0700         0.580        1.9800
## 78         R78 34120448      M10     1.4600         0.710        2.9900
## 79         R79 34120448      M10     0.4800         0.210        1.1100
## 80         R80 24462370      M10     0.7300         0.240        1.2100
## 81         R81 24462370      M10     0.2900         0.020        0.5500
## 82         R82 31501611       M1     2.6100         2.140        3.1900
## 83         R83 31501611       M1     1.8600         1.650        2.1000
## 84         R84 31501611      M10     3.5100         2.710        4.5400
## 85         R85 31501611      M10     2.0000         1.750        2.2800
## 86         R86 32665587       M1     0.8300        -0.110        1.7700
## 87         R87 32665587       M1     0.7600        -0.190        1.7000
## 88         R88 35232963      M10     0.1450         0.116        0.1730
## 89         R89 34465205       M1     1.7700         1.530        2.0400
## 90         R90 33323262       M1     1.5500         1.370        1.7600
## 91         R91 33323262       M2     1.4000         1.260        1.5600
## 92         R92 33323262       M3     1.4300         1.260        1.6200
## 93         R93 33323262       M4     1.1000         0.820        1.4900
## 94         R94 33323262      M11     1.5500         1.420        1.6900
## 95         R95 29935421       M1     4.1720         1.928        6.6800
## 96         R96 25411050       M5    10.4300         4.820       16.0400
## 97         R97 25411050       M5     2.9700        -0.080        6.0300
## 98         R98 34333589       M1     1.1000         1.080        1.1300
## 99         R99 34333589       M1     1.6400         1.470        1.8200
## 100       R100 28317167      M10     0.5270         0.363        0.6910
## 101       R101 28317167      M10     0.4330         0.338        0.5280
## 102       R102 35186940       M1     0.9230         0.508        1.6750
## 103       R103 35186940       M2     1.4420         0.886        2.3490
## 104       R104 35186940       M4     0.1770         0.028        1.1290
## 105       R105 35186940      M12     2.0420         1.439        3.3670
## 106       R106 35186940       M1     0.8530         0.582        1.2500
## 107       R107 35186940       M2     0.8490         0.647        1.1130
## 108       R108 35186940       M4     0.1420         0.044        0.4570
## 109       R109 35186940      M12     1.5860         1.235        1.9180
## 110       R110 34322150      M13     0.0080         0.000        0.0000
## 111       R111 34322150      M14     0.1040         0.000        0.0000
## 112       R112 34322150       M4     0.0149         0.000        0.0000
## 113       R113 34322150      M15     0.0136         0.000        0.0000
## 114       R114 34322150      M16     0.0143         0.000        0.0000
## 115       R115 34322150      M17     0.0163         0.000        0.0000
## 116       R116 34322150      M18     0.0163         0.000        0.0000
##          pvalue exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error
## 1     6.260e-11         E4        O5               ID1             NA
## 2     4.380e-35         E5        O5               ID1             NA
## 3     5.500e-03         E2        O1               ID1             NA
## 4    2.500e-100         E2        O2               ID1             NA
## 5     1.320e-02         E4        O5               ID1             NA
## 6     1.480e-05         E5        O5               ID1             NA
## 7     8.180e-07         E4        O5               ID1             NA
## 8     9.330e-18         E5        O5               ID1             NA
## 9     2.000e-03         E2        O7               ID4             NA
## 10    2.500e-05         E2        O6               ID4             NA
## 11   -2.000e-02         E1        O6               ID2             NA
## 12    2.000e-03         E1        O6               ID2             NA
## 13    8.600e-02         E1        O6               ID2             NA
## 14    2.000e-04         E1        O6               ID2             NA
## 15    2.000e-03         E1        O7               ID2             NA
## 16    2.000e-15         E1        O3               ID1             NA
## 17    2.450e-05        E10        O4               ID1             NA
## 18    1.000e-02         E2        O7               ID4             NA
## 19    1.000e-02         E2        O6               ID4             NA
## 20    2.000e-04        E13        O6               ID4             NA
## 21    3.600e-08        E13        O7               ID4             NA
## 22    4.000e-03         E1        O8               ID4         0.4000
## 23    1.000e-03         E1        O6               ID4         0.0310
## 24    6.580e-01         E1        O6               ID4         0.0620
## 25    1.000e-03         E1        O6               ID4         0.0320
## 26    3.250e-01         E1        O6               ID4         0.1540
## 27    1.000e-03         E1        O7               ID4         0.0000
## 28    5.660e-79         E1        O6               ID4         0.0000
## 29    3.200e-02         E3        O6               ID4         0.0000
## 30    2.730e-39         E1        O7               ID4         0.0000
## 31    5.300e-02         E3        O7               ID4         0.0000
## 32    2.400e-01         E2        O7               ID4         0.0000
## 33    6.000e-02         E2        O6               ID4         0.0000
## 34    0.000e+00         E2        O7               ID4         0.0000
## 35    0.000e+00         E2        O6               ID4         0.0000
## 36    8.000e-04         E2        O7               ID4         0.0000
## 37    2.500e-06         E2        O6               ID4         0.0000
## 38    9.300e-01         E2        O7               ID4         0.0000
## 39    5.600e-01         E2        O6               ID4         0.0000
## 40    1.100e-19         E1        O3               ID1         0.0000
## 41    2.500e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 42    2.700e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 43    3.400e-16         E1       O11               ID1         0.0000
## 44    1.500e-03         E6       O11               ID1         0.0000
## 45    9.000e-02         E7       O11               ID1         0.0000
## 46    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 47    1.000e-05         E8        O3               ID1         0.0000
## 48    5.000e-11         E9        O3               ID1         0.0000
## 49    2.000e-11         E1        O3               ID1         0.0000
## 50    6.000e-29        E11        O3               ID1         0.0000
## 51    1.000e-04         E8        O3               ID1         0.0000
## 52    2.000e-07         E9        O3               ID1         0.0000
## 53    0.000e+00         E1       O10               ID1         0.0000
## 54    2.460e-06        E10        O4               ID1         0.0000
## 55    2.000e-07         E1        O3               ID1         0.0000
## 56    2.200e-02         E1        O3               ID1        -0.0300
## 57    2.890e-03         E4        O5               ID1        -0.0500
## 58    8.200e-03         E5        O5               ID1         0.0000
## 59    3.840e-03        E10        O4               ID1         0.0000
## 60    1.000e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 61    2.000e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 62    1.000e-03         E4        O5               ID1         0.0000
## 63    1.020e-10         E4        O5               ID1         0.0000
## 64    1.000e-03         E4        O5               ID1         0.0000
## 65    5.650e-07         E4        O5               ID1         0.0000
## 66   4.230e-158         E1        O6               ID4         0.5070
## 67    9.370e-18        E14        O6               ID4         0.8100
## 68    1.490e-50        E11        O6               ID4         0.7530
## 69    2.170e-87         E1        O7               ID4         0.3850
## 70    1.580e-04        E14        O7               ID4         0.5910
## 71    3.870e-46        E11        O7               ID4         0.5460
## 72    0.000e+00         E1        O6               ID1         0.0000
## 73    0.000e+00         E3        O6               ID1         0.0000
## 74    3.000e-03         E1        O2               ID1         0.0000
## 75    2.900e-02         E1        O1               ID1         0.0000
## 76    1.000e-03         E3        O2               ID1         0.0000
## 77    8.200e-01         E3        O1               ID1         0.0000
## 78    2.740e-01        E11        O2               ID1         0.0000
## 79    7.900e-02        E11        O1               ID1         0.0000
## 80    3.300e-03         E1        O6               ID4         0.0000
## 81    3.300e-02         E1        O7               ID4         0.0000
## 82   -4.000e-02        E15        O3               ID1         0.0000
## 83    1.400e-24        E15        O3               ID1         0.0000
## 84    2.500e-21        E15        O3               ID1         0.0000
## 85    4.500e-24        E15        O3               ID1         0.0000
## 86    8.250e-02         E1        O3               ID5         0.0000
## 87    1.170e-01         E1        O3               ID5         0.0000
## 88    4.200e-22         E1        O7               ID5         0.0000
## 89    6.300e-15         E4        O3               ID1         0.0000
## 90    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 91    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 92    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 93    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 94    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 95    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 96    0.000e+00         E1        O6               ID2         0.0000
## 97    0.000e+00         E1        O7               ID2         0.0000
## 98    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 99    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 100   0.000e+00         E1        O6               ID4         0.0000
## 101   1.000e-10         E1        O7               ID4         0.0000
## 102   7.500e-01        E15        O6               ID1         0.0000
## 103   1.400e-01        E15        O6               ID1         0.0000
## 104   6.800e-02        E15        O1               ID1         0.0000
## 105   1.900e-04        E15        O6               ID1         0.0000
## 106   4.200e-01        E15        O7               ID1         0.0000
## 107   2.400e-01        E15        O7               ID1         0.0000
## 108   1.200e-03        E15        O7               ID1         0.0000
## 109   1.100e-03        E15        O7               ID1         0.0000
## 110   1.162e-01         E1        O6               ID4         0.0051
## 111   4.200e-03         E1        O6               ID4         0.0036
## 112   1.301e-01         E1        O6               ID4         0.0098
## 113   2.280e-01         E1        O6               ID4         0.0110
## 114   1.330e-01         E1        O6               ID4         0.0091
## 115   2.440e-02         E1        O6               ID4         0.0067
## 116   2.480e-02         E1        O6               ID4         0.0067
##                 strata
## 1                 <NA>
## 2                 <NA>
## 3                 <NA>
## 4                 <NA>
## 5                 <NA>
## 6                 <NA>
## 7                 <NA>
## 8                 <NA>
## 9                 <NA>
## 10                <NA>
## 11                <NA>
## 12                <NA>
## 13                <NA>
## 14                <NA>
## 15                <NA>
## 16                <NA>
## 17                <NA>
## 18                <NA>
## 19                <NA>
## 20                <NA>
## 21                <NA>
## 22                <NA>
## 23                <NA>
## 24                <NA>
## 25                <NA>
## 26                <NA>
## 27                <NA>
## 28                <NA>
## 29                <NA>
## 30                <NA>
## 31                <NA>
## 32               women
## 33               women
## 34                 men
## 35                 men
## 36   less than 55years
## 37  less than 55 years
## 38  more than 55 years
## 39  more than 55 years
## 40                    
## 41                    
## 42                    
## 43                    
## 44                    
## 45                    
## 46                    
## 47                    
## 48                    
## 49                    
## 50                    
## 51                    
## 52                    
## 53                    
## 54                    
## 55                    
## 56                    
## 57                    
## 58                    
## 59                    
## 60                    
## 61                    
## 62                    
## 63                    
## 64                    
## 65                    
## 66                    
## 67                    
## 68                    
## 69                    
## 70                    
## 71                    
## 72                    
## 73                    
## 74                    
## 75                    
## 76                    
## 77                    
## 78                    
## 79                    
## 80                    
## 81                    
## 82             females
## 83               Males
## 84             Females
## 85               Males
## 86            siblings
## 87                    
## 88                    
## 89                    
## 90                    
## 91                    
## 92                    
## 93                    
## 94                    
## 95                    
## 96                    
## 97                    
## 98                    
## 99                    
## 100                   
## 101                   
## 102                   
## 103                   
## 104                   
## 105                   
## 106                   
## 107                   
## 108                   
## 109                   
## 110                   
## 111                   
## 112                   
## 113                   
## 114                   
## 115                   
## 116
#Create an empty and or blank column
dt$` ` <- paste(rep(" ", 20),collapse=" ")

#filter the datasets
dt <- dt %>% 
  filter(effectsizetype_id=="ID2" & outcomeid=="O7") 
dt$effectsize[(dt$effectsize==2.97)] <- 0.297
dt$lowerinterval[(dt$lowerinterval==-0.08)] <- -0.008
dt$upperinterval[(dt$upperinterval==6.03)] <- 0.603
dt
##   results_id     pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval pvalue
## 1        R15 19470880       M5      1.790         0.680         2.900  0.002
## 2        R97 25411050       M5      0.297        -0.008         0.603  0.000
##   exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error strata
## 1         E1        O7               ID2             NA   <NA>
## 2         E1        O7               ID2              0       
##                                          
## 1                                        
## 2
#create the confidence interval column

dt$`MD (95% CI)` <- sprintf("%.2f (%.2f - %.2f)",dt$effectsize,dt$lowerinterval,dt$upperinterval)
head(dt)
##   results_id     pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval pvalue
## 1        R15 19470880       M5      1.790         0.680         2.900  0.002
## 2        R97 25411050       M5      0.297        -0.008         0.603  0.000
##   exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error strata
## 1         E1        O7               ID2             NA   <NA>
## 2         E1        O7               ID2              0       
##                                                   MD (95% CI)
## 1                                          1.79 (0.68 - 2.90)
## 2                                         0.30 (-0.01 - 0.60)
#define the theme

tm <- forest_theme(ci_pch = 20,
                   ci_col = "blue",
                   ci_fill = "red",
                   ci_alpha = 1,
                   ci_Theight = 0.3,
                   refline_col = "red",
                   legend_value = c("O6","O7"),)
  
p <- forest(dt[,c(2,13:14)],
          est = dt$effectsize,
          lower = dt$lowerinterval,
          upper = dt$upperinterval,
          sizes = 0.8,
          ci_column = 2,
         ref_line = 0,
         xlim = c(-1,17),
         footnote = "These are \nthe study PMIDs",
         xlab = "Mean Difference",
         title = "Forest plot showing the mean differences of BMI\n and DBP",
         theme = tm)
plot(p)

#Diastolic blood pressure

dt <- dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM results')
dt
##     results_id     pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval
## 1           R1 33771188       M1     1.1200         1.080        1.1600
## 2           R2 33771188       M1     1.2100         1.180        1.2500
## 3           R3 23824655       M1     1.0400         1.012        1.0720
## 4           R4 23824655       M1     1.1260         1.114        1.1390
## 5           R5 33771188       M3     1.1100         1.050        1.1800
## 6           R6 33771188       M3     1.2300         1.130        1.3400
## 7           R7 33771188       M2     1.1100         1.070        1.1600
## 8           R8 33771188       M2     1.2300         1.170        1.2900
## 9           R9 23824653       M5     0.4900         0.187        0.7930
## 10         R10 23824655       M5     0.8920         0.475        1.3090
## 11         R11 26568383       M5     0.3050         0.130        0.4600
## 12         R12 26568383       M5     0.2900         0.100        0.4800
## 13         R13 26568383       M5     0.3850        -0.050        0.8300
## 14         R14 19470880       M5     3.8500         1.880        5.7900
## 15         R15 19470880       M5     1.7900         0.680        2.9000
## 16         R16 35074047       M2     2.2900         1.870        2.7800
## 17         R17 35694671       M2     1.4900         1.240        1.7900
## 18         R18 25712996       M5     0.1500         0.030        0.2600
## 19         R19 25712996       M5     0.1600         0.040        0.2800
## 20         R20 28678979       M5     1.6500         0.780        2.5200
## 21         R21 28678979       M5     1.3700         0.880        1.8500
## 22         R22 32712226       M5     1.1000         0.000        0.0000
## 23         R23 30462199       M1     0.1010         0.040        0.1600
## 24         R24 30462199       M4     0.0270        -0.090        0.1500
## 25         R25 30462199       M2     0.1470         0.080        0.2100
## 26         R26 30462199       M8    -0.0200        -0.320        0.2800
## 27         R27 35947639       M9    -0.3240         0.000        0.0000
## 28         R28 32636122       M5    15.5270        13.909       17.1440
## 29         R29 32636122       M5     7.2770         0.609       13.9460
## 30         R30 32636122       M5     7.4710         6.355        8.5880
## 31         R31 32636122       M5     3.2090        -0.365        6.0520
## 32         R32 25712996       M5     0.0700        -0.040        0.1800
## 33         R33 25712996       M5     0.1000        -0.010        0.2000
## 34         R34 25712996       M5     0.2300         0.060        0.4000
## 35         R35 25712996       M5     0.2100         0.040        0.3700
## 36         R36 25712996       M5     0.2100         0.090        0.3300
## 37         R37 25712996       M5     0.2100         0.120        0.3000
## 38         R38 25712996       M5     0.0100        -0.160        0.1800
## 39         R39 25712996       M5     0.0600        -0.140        0.2600
## 40         R40 28678979       M1     1.6400         1.480        1.8300
## 41         R41 30045251       M1     1.2500         0.000        0.0000
## 42         R42 30045251       M1     1.2600         0.000        0.0000
## 43         R43 31195408       M1     1.1000         1.070        1.1200
## 44         R44 31195408       M1     1.1200         1.040        1.2000
## 45         R45 31195408       M1     1.0800         0.990        1.1900
## 46         R46 33131310       M1     1.4200         1.370        1.4800
## 47         R47 33980691       M1     0.3400         0.210        0.5500
## 48         R48 33980691       M1     3.0300         2.180        4.2200
## 49         R49 35074047       M1     2.1800         1.800        2.6400
## 50         R50 35074047       M1     2.0100         1.790        2.2600
## 51         R51 35074047       M1     0.3400         0.180        0.5500
## 52         R52 35074047       M1     3.0300         2.180        4.2200
## 53         R53 35656995       M1     1.8900         1.370        2.6100
## 54         R54 35694671       M1     1.3900         1.210        1.5900
## 55         R55 35074047       M7     1.8200         1.450        2.2800
## 56         R56 35074047       M4     1.6000         1.080        2.3700
## 57         R57 33771188       M4     1.2100         1.130        1.3000
## 58         R58 33771188       M4     1.1400         1.040        1.2600
## 59         R59 35694671       M4     1.9500         1.350        2.8200
## 60         R60 28678979       M4     1.4490         1.189        1.9180
## 61         R61 28678979       M4     1.4130         1.157        1.8940
## 62         R62 34001814       M1     1.0080         1.004        1.0116
## 63         R63 34001814       M2     1.0090         1.007        1.0120
## 64         R64 34001814       M1     1.0050         1.002        1.0080
## 65         R65 34001814       M2     1.0070         1.004        1.0100
## 66         R66 35599089      M10    14.3740         0.000        0.0000
## 67         R67 35599089      M10     6.9940         0.000        0.0000
## 68         R68 35599089      M10    11.4600         0.000        0.0000
## 69         R69 35599089      M10     7.8690         0.000        0.0000
## 70         R70 35599089      M10     2.2350         0.000        0.0000
## 71         R71 35599089      M10     7.9080         0.000        0.0000
## 72         R72 34002035       M1     1.3400         1.240        1.4500
## 73         R73 34002035       M1     1.4000         1.250        1.5800
## 74         R74 34120448      M10     1.5100         1.200        1.8800
## 75         R75 34120448      M10     1.3400         1.030        1.7400
## 76         R76 34120448      M10     2.4600         1.460        4.1400
## 77         R77 34120448      M10     1.0700         0.580        1.9800
## 78         R78 34120448      M10     1.4600         0.710        2.9900
## 79         R79 34120448      M10     0.4800         0.210        1.1100
## 80         R80 24462370      M10     0.7300         0.240        1.2100
## 81         R81 24462370      M10     0.2900         0.020        0.5500
## 82         R82 31501611       M1     2.6100         2.140        3.1900
## 83         R83 31501611       M1     1.8600         1.650        2.1000
## 84         R84 31501611      M10     3.5100         2.710        4.5400
## 85         R85 31501611      M10     2.0000         1.750        2.2800
## 86         R86 32665587       M1     0.8300        -0.110        1.7700
## 87         R87 32665587       M1     0.7600        -0.190        1.7000
## 88         R88 35232963      M10     0.1450         0.116        0.1730
## 89         R89 34465205       M1     1.7700         1.530        2.0400
## 90         R90 33323262       M1     1.5500         1.370        1.7600
## 91         R91 33323262       M2     1.4000         1.260        1.5600
## 92         R92 33323262       M3     1.4300         1.260        1.6200
## 93         R93 33323262       M4     1.1000         0.820        1.4900
## 94         R94 33323262      M11     1.5500         1.420        1.6900
## 95         R95 29935421       M1     4.1720         1.928        6.6800
## 96         R96 25411050       M5    10.4300         4.820       16.0400
## 97         R97 25411050       M5     2.9700        -0.080        6.0300
## 98         R98 34333589       M1     1.1000         1.080        1.1300
## 99         R99 34333589       M1     1.6400         1.470        1.8200
## 100       R100 28317167      M10     0.5270         0.363        0.6910
## 101       R101 28317167      M10     0.4330         0.338        0.5280
## 102       R102 35186940       M1     0.9230         0.508        1.6750
## 103       R103 35186940       M2     1.4420         0.886        2.3490
## 104       R104 35186940       M4     0.1770         0.028        1.1290
## 105       R105 35186940      M12     2.0420         1.439        3.3670
## 106       R106 35186940       M1     0.8530         0.582        1.2500
## 107       R107 35186940       M2     0.8490         0.647        1.1130
## 108       R108 35186940       M4     0.1420         0.044        0.4570
## 109       R109 35186940      M12     1.5860         1.235        1.9180
## 110       R110 34322150      M13     0.0080         0.000        0.0000
## 111       R111 34322150      M14     0.1040         0.000        0.0000
## 112       R112 34322150       M4     0.0149         0.000        0.0000
## 113       R113 34322150      M15     0.0136         0.000        0.0000
## 114       R114 34322150      M16     0.0143         0.000        0.0000
## 115       R115 34322150      M17     0.0163         0.000        0.0000
## 116       R116 34322150      M18     0.0163         0.000        0.0000
##          pvalue exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error
## 1     6.260e-11         E4        O5               ID1             NA
## 2     4.380e-35         E5        O5               ID1             NA
## 3     5.500e-03         E2        O1               ID1             NA
## 4    2.500e-100         E2        O2               ID1             NA
## 5     1.320e-02         E4        O5               ID1             NA
## 6     1.480e-05         E5        O5               ID1             NA
## 7     8.180e-07         E4        O5               ID1             NA
## 8     9.330e-18         E5        O5               ID1             NA
## 9     2.000e-03         E2        O7               ID4             NA
## 10    2.500e-05         E2        O6               ID4             NA
## 11   -2.000e-02         E1        O6               ID2             NA
## 12    2.000e-03         E1        O6               ID2             NA
## 13    8.600e-02         E1        O6               ID2             NA
## 14    2.000e-04         E1        O6               ID2             NA
## 15    2.000e-03         E1        O7               ID2             NA
## 16    2.000e-15         E1        O3               ID1             NA
## 17    2.450e-05        E10        O4               ID1             NA
## 18    1.000e-02         E2        O7               ID4             NA
## 19    1.000e-02         E2        O6               ID4             NA
## 20    2.000e-04        E13        O6               ID4             NA
## 21    3.600e-08        E13        O7               ID4             NA
## 22    4.000e-03         E1        O8               ID4         0.4000
## 23    1.000e-03         E1        O6               ID4         0.0310
## 24    6.580e-01         E1        O6               ID4         0.0620
## 25    1.000e-03         E1        O6               ID4         0.0320
## 26    3.250e-01         E1        O6               ID4         0.1540
## 27    1.000e-03         E1        O7               ID4         0.0000
## 28    5.660e-79         E1        O6               ID4         0.0000
## 29    3.200e-02         E3        O6               ID4         0.0000
## 30    2.730e-39         E1        O7               ID4         0.0000
## 31    5.300e-02         E3        O7               ID4         0.0000
## 32    2.400e-01         E2        O7               ID4         0.0000
## 33    6.000e-02         E2        O6               ID4         0.0000
## 34    0.000e+00         E2        O7               ID4         0.0000
## 35    0.000e+00         E2        O6               ID4         0.0000
## 36    8.000e-04         E2        O7               ID4         0.0000
## 37    2.500e-06         E2        O6               ID4         0.0000
## 38    9.300e-01         E2        O7               ID4         0.0000
## 39    5.600e-01         E2        O6               ID4         0.0000
## 40    1.100e-19         E1        O3               ID1         0.0000
## 41    2.500e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 42    2.700e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 43    3.400e-16         E1       O11               ID1         0.0000
## 44    1.500e-03         E6       O11               ID1         0.0000
## 45    9.000e-02         E7       O11               ID1         0.0000
## 46    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 47    1.000e-05         E8        O3               ID1         0.0000
## 48    5.000e-11         E9        O3               ID1         0.0000
## 49    2.000e-11         E1        O3               ID1         0.0000
## 50    6.000e-29        E11        O3               ID1         0.0000
## 51    1.000e-04         E8        O3               ID1         0.0000
## 52    2.000e-07         E9        O3               ID1         0.0000
## 53    0.000e+00         E1       O10               ID1         0.0000
## 54    2.460e-06        E10        O4               ID1         0.0000
## 55    2.000e-07         E1        O3               ID1         0.0000
## 56    2.200e-02         E1        O3               ID1        -0.0300
## 57    2.890e-03         E4        O5               ID1        -0.0500
## 58    8.200e-03         E5        O5               ID1         0.0000
## 59    3.840e-03        E10        O4               ID1         0.0000
## 60    1.000e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 61    2.000e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 62    1.000e-03         E4        O5               ID1         0.0000
## 63    1.020e-10         E4        O5               ID1         0.0000
## 64    1.000e-03         E4        O5               ID1         0.0000
## 65    5.650e-07         E4        O5               ID1         0.0000
## 66   4.230e-158         E1        O6               ID4         0.5070
## 67    9.370e-18        E14        O6               ID4         0.8100
## 68    1.490e-50        E11        O6               ID4         0.7530
## 69    2.170e-87         E1        O7               ID4         0.3850
## 70    1.580e-04        E14        O7               ID4         0.5910
## 71    3.870e-46        E11        O7               ID4         0.5460
## 72    0.000e+00         E1        O6               ID1         0.0000
## 73    0.000e+00         E3        O6               ID1         0.0000
## 74    3.000e-03         E1        O2               ID1         0.0000
## 75    2.900e-02         E1        O1               ID1         0.0000
## 76    1.000e-03         E3        O2               ID1         0.0000
## 77    8.200e-01         E3        O1               ID1         0.0000
## 78    2.740e-01        E11        O2               ID1         0.0000
## 79    7.900e-02        E11        O1               ID1         0.0000
## 80    3.300e-03         E1        O6               ID4         0.0000
## 81    3.300e-02         E1        O7               ID4         0.0000
## 82   -4.000e-02        E15        O3               ID1         0.0000
## 83    1.400e-24        E15        O3               ID1         0.0000
## 84    2.500e-21        E15        O3               ID1         0.0000
## 85    4.500e-24        E15        O3               ID1         0.0000
## 86    8.250e-02         E1        O3               ID5         0.0000
## 87    1.170e-01         E1        O3               ID5         0.0000
## 88    4.200e-22         E1        O7               ID5         0.0000
## 89    6.300e-15         E4        O3               ID1         0.0000
## 90    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 91    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 92    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 93    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 94    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 95    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 96    0.000e+00         E1        O6               ID2         0.0000
## 97    0.000e+00         E1        O7               ID2         0.0000
## 98    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 99    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 100   0.000e+00         E1        O6               ID4         0.0000
## 101   1.000e-10         E1        O7               ID4         0.0000
## 102   7.500e-01        E15        O6               ID1         0.0000
## 103   1.400e-01        E15        O6               ID1         0.0000
## 104   6.800e-02        E15        O1               ID1         0.0000
## 105   1.900e-04        E15        O6               ID1         0.0000
## 106   4.200e-01        E15        O7               ID1         0.0000
## 107   2.400e-01        E15        O7               ID1         0.0000
## 108   1.200e-03        E15        O7               ID1         0.0000
## 109   1.100e-03        E15        O7               ID1         0.0000
## 110   1.162e-01         E1        O6               ID4         0.0051
## 111   4.200e-03         E1        O6               ID4         0.0036
## 112   1.301e-01         E1        O6               ID4         0.0098
## 113   2.280e-01         E1        O6               ID4         0.0110
## 114   1.330e-01         E1        O6               ID4         0.0091
## 115   2.440e-02         E1        O6               ID4         0.0067
## 116   2.480e-02         E1        O6               ID4         0.0067
##                 strata
## 1                 <NA>
## 2                 <NA>
## 3                 <NA>
## 4                 <NA>
## 5                 <NA>
## 6                 <NA>
## 7                 <NA>
## 8                 <NA>
## 9                 <NA>
## 10                <NA>
## 11                <NA>
## 12                <NA>
## 13                <NA>
## 14                <NA>
## 15                <NA>
## 16                <NA>
## 17                <NA>
## 18                <NA>
## 19                <NA>
## 20                <NA>
## 21                <NA>
## 22                <NA>
## 23                <NA>
## 24                <NA>
## 25                <NA>
## 26                <NA>
## 27                <NA>
## 28                <NA>
## 29                <NA>
## 30                <NA>
## 31                <NA>
## 32               women
## 33               women
## 34                 men
## 35                 men
## 36   less than 55years
## 37  less than 55 years
## 38  more than 55 years
## 39  more than 55 years
## 40                    
## 41                    
## 42                    
## 43                    
## 44                    
## 45                    
## 46                    
## 47                    
## 48                    
## 49                    
## 50                    
## 51                    
## 52                    
## 53                    
## 54                    
## 55                    
## 56                    
## 57                    
## 58                    
## 59                    
## 60                    
## 61                    
## 62                    
## 63                    
## 64                    
## 65                    
## 66                    
## 67                    
## 68                    
## 69                    
## 70                    
## 71                    
## 72                    
## 73                    
## 74                    
## 75                    
## 76                    
## 77                    
## 78                    
## 79                    
## 80                    
## 81                    
## 82             females
## 83               Males
## 84             Females
## 85               Males
## 86            siblings
## 87                    
## 88                    
## 89                    
## 90                    
## 91                    
## 92                    
## 93                    
## 94                    
## 95                    
## 96                    
## 97                    
## 98                    
## 99                    
## 100                   
## 101                   
## 102                   
## 103                   
## 104                   
## 105                   
## 106                   
## 107                   
## 108                   
## 109                   
## 110                   
## 111                   
## 112                   
## 113                   
## 114                   
## 115                   
## 116
#Create an empty and or blank column
dt$` ` <- paste(rep(" ", 20),collapse=" ")

#filter the datasets
dt <- dt %>% 
  filter(effectsizetype_id=="ID2" & outcomeid=="O7") 
dt$effectsize[(dt$effectsize==10.43)] <- 1.048
dt$lowerinterval[(dt$lowerinterval==4.82)] <- 0.482
dt$upperinterval[(dt$upperinterval==16.04)] <- 1.604
dt
##   results_id     pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval pvalue
## 1        R15 19470880       M5       1.79          0.68          2.90  0.002
## 2        R97 25411050       M5       2.97         -0.08          6.03  0.000
##   exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error strata
## 1         E1        O7               ID2             NA   <NA>
## 2         E1        O7               ID2              0       
##                                          
## 1                                        
## 2
#create the confidence interval column

dt$`MD (95% CI)` <- sprintf("%.2f (%.2f - %.2f)",dt$effectsize,dt$lowerinterval,dt$upperinterval)
head(dt)
##   results_id     pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval pvalue
## 1        R15 19470880       M5       1.79          0.68          2.90  0.002
## 2        R97 25411050       M5       2.97         -0.08          6.03  0.000
##   exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error strata
## 1         E1        O7               ID2             NA   <NA>
## 2         E1        O7               ID2              0       
##                                                   MD (95% CI)
## 1                                          1.79 (0.68 - 2.90)
## 2                                         2.97 (-0.08 - 6.03)
#define the theme

tm <- forest_theme(ci_pch = 20,
                   ci_col = "blue",
                   ci_fill = "red",
                   ci_alpha = 1,
                   ci_Theight = 0.3,
                   refline_col = "red",
                   legend_value = c("O6","O7"),)

p <- forest(dt[,c(2,13:14)],
            est = dt$effectsize,
            lower = dt$lowerinterval,
            upper = dt$upperinterval,
            sizes = 0.8,
            ci_column = 2,
            ref_line = 0,
            xlim = c(-1,17),
            footnote = "These are \nthe study PMIDs",
            xlab = "Mean Difference",
            title = "Forest plot showing the mean differences of BMI\n and SBP",
            theme = tm)
plot(p)

# Make a forest plot with Odds ratio only ---------------------------------
dt_or <- dbGetQuery(con, 'SELECT * FROM results')
dt_or
##     results_id     pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval
## 1           R1 33771188       M1     1.1200         1.080        1.1600
## 2           R2 33771188       M1     1.2100         1.180        1.2500
## 3           R3 23824655       M1     1.0400         1.012        1.0720
## 4           R4 23824655       M1     1.1260         1.114        1.1390
## 5           R5 33771188       M3     1.1100         1.050        1.1800
## 6           R6 33771188       M3     1.2300         1.130        1.3400
## 7           R7 33771188       M2     1.1100         1.070        1.1600
## 8           R8 33771188       M2     1.2300         1.170        1.2900
## 9           R9 23824653       M5     0.4900         0.187        0.7930
## 10         R10 23824655       M5     0.8920         0.475        1.3090
## 11         R11 26568383       M5     0.3050         0.130        0.4600
## 12         R12 26568383       M5     0.2900         0.100        0.4800
## 13         R13 26568383       M5     0.3850        -0.050        0.8300
## 14         R14 19470880       M5     3.8500         1.880        5.7900
## 15         R15 19470880       M5     1.7900         0.680        2.9000
## 16         R16 35074047       M2     2.2900         1.870        2.7800
## 17         R17 35694671       M2     1.4900         1.240        1.7900
## 18         R18 25712996       M5     0.1500         0.030        0.2600
## 19         R19 25712996       M5     0.1600         0.040        0.2800
## 20         R20 28678979       M5     1.6500         0.780        2.5200
## 21         R21 28678979       M5     1.3700         0.880        1.8500
## 22         R22 32712226       M5     1.1000         0.000        0.0000
## 23         R23 30462199       M1     0.1010         0.040        0.1600
## 24         R24 30462199       M4     0.0270        -0.090        0.1500
## 25         R25 30462199       M2     0.1470         0.080        0.2100
## 26         R26 30462199       M8    -0.0200        -0.320        0.2800
## 27         R27 35947639       M9    -0.3240         0.000        0.0000
## 28         R28 32636122       M5    15.5270        13.909       17.1440
## 29         R29 32636122       M5     7.2770         0.609       13.9460
## 30         R30 32636122       M5     7.4710         6.355        8.5880
## 31         R31 32636122       M5     3.2090        -0.365        6.0520
## 32         R32 25712996       M5     0.0700        -0.040        0.1800
## 33         R33 25712996       M5     0.1000        -0.010        0.2000
## 34         R34 25712996       M5     0.2300         0.060        0.4000
## 35         R35 25712996       M5     0.2100         0.040        0.3700
## 36         R36 25712996       M5     0.2100         0.090        0.3300
## 37         R37 25712996       M5     0.2100         0.120        0.3000
## 38         R38 25712996       M5     0.0100        -0.160        0.1800
## 39         R39 25712996       M5     0.0600        -0.140        0.2600
## 40         R40 28678979       M1     1.6400         1.480        1.8300
## 41         R41 30045251       M1     1.2500         0.000        0.0000
## 42         R42 30045251       M1     1.2600         0.000        0.0000
## 43         R43 31195408       M1     1.1000         1.070        1.1200
## 44         R44 31195408       M1     1.1200         1.040        1.2000
## 45         R45 31195408       M1     1.0800         0.990        1.1900
## 46         R46 33131310       M1     1.4200         1.370        1.4800
## 47         R47 33980691       M1     0.3400         0.210        0.5500
## 48         R48 33980691       M1     3.0300         2.180        4.2200
## 49         R49 35074047       M1     2.1800         1.800        2.6400
## 50         R50 35074047       M1     2.0100         1.790        2.2600
## 51         R51 35074047       M1     0.3400         0.180        0.5500
## 52         R52 35074047       M1     3.0300         2.180        4.2200
## 53         R53 35656995       M1     1.8900         1.370        2.6100
## 54         R54 35694671       M1     1.3900         1.210        1.5900
## 55         R55 35074047       M7     1.8200         1.450        2.2800
## 56         R56 35074047       M4     1.6000         1.080        2.3700
## 57         R57 33771188       M4     1.2100         1.130        1.3000
## 58         R58 33771188       M4     1.1400         1.040        1.2600
## 59         R59 35694671       M4     1.9500         1.350        2.8200
## 60         R60 28678979       M4     1.4490         1.189        1.9180
## 61         R61 28678979       M4     1.4130         1.157        1.8940
## 62         R62 34001814       M1     1.0080         1.004        1.0116
## 63         R63 34001814       M2     1.0090         1.007        1.0120
## 64         R64 34001814       M1     1.0050         1.002        1.0080
## 65         R65 34001814       M2     1.0070         1.004        1.0100
## 66         R66 35599089      M10    14.3740         0.000        0.0000
## 67         R67 35599089      M10     6.9940         0.000        0.0000
## 68         R68 35599089      M10    11.4600         0.000        0.0000
## 69         R69 35599089      M10     7.8690         0.000        0.0000
## 70         R70 35599089      M10     2.2350         0.000        0.0000
## 71         R71 35599089      M10     7.9080         0.000        0.0000
## 72         R72 34002035       M1     1.3400         1.240        1.4500
## 73         R73 34002035       M1     1.4000         1.250        1.5800
## 74         R74 34120448      M10     1.5100         1.200        1.8800
## 75         R75 34120448      M10     1.3400         1.030        1.7400
## 76         R76 34120448      M10     2.4600         1.460        4.1400
## 77         R77 34120448      M10     1.0700         0.580        1.9800
## 78         R78 34120448      M10     1.4600         0.710        2.9900
## 79         R79 34120448      M10     0.4800         0.210        1.1100
## 80         R80 24462370      M10     0.7300         0.240        1.2100
## 81         R81 24462370      M10     0.2900         0.020        0.5500
## 82         R82 31501611       M1     2.6100         2.140        3.1900
## 83         R83 31501611       M1     1.8600         1.650        2.1000
## 84         R84 31501611      M10     3.5100         2.710        4.5400
## 85         R85 31501611      M10     2.0000         1.750        2.2800
## 86         R86 32665587       M1     0.8300        -0.110        1.7700
## 87         R87 32665587       M1     0.7600        -0.190        1.7000
## 88         R88 35232963      M10     0.1450         0.116        0.1730
## 89         R89 34465205       M1     1.7700         1.530        2.0400
## 90         R90 33323262       M1     1.5500         1.370        1.7600
## 91         R91 33323262       M2     1.4000         1.260        1.5600
## 92         R92 33323262       M3     1.4300         1.260        1.6200
## 93         R93 33323262       M4     1.1000         0.820        1.4900
## 94         R94 33323262      M11     1.5500         1.420        1.6900
## 95         R95 29935421       M1     4.1720         1.928        6.6800
## 96         R96 25411050       M5    10.4300         4.820       16.0400
## 97         R97 25411050       M5     2.9700        -0.080        6.0300
## 98         R98 34333589       M1     1.1000         1.080        1.1300
## 99         R99 34333589       M1     1.6400         1.470        1.8200
## 100       R100 28317167      M10     0.5270         0.363        0.6910
## 101       R101 28317167      M10     0.4330         0.338        0.5280
## 102       R102 35186940       M1     0.9230         0.508        1.6750
## 103       R103 35186940       M2     1.4420         0.886        2.3490
## 104       R104 35186940       M4     0.1770         0.028        1.1290
## 105       R105 35186940      M12     2.0420         1.439        3.3670
## 106       R106 35186940       M1     0.8530         0.582        1.2500
## 107       R107 35186940       M2     0.8490         0.647        1.1130
## 108       R108 35186940       M4     0.1420         0.044        0.4570
## 109       R109 35186940      M12     1.5860         1.235        1.9180
## 110       R110 34322150      M13     0.0080         0.000        0.0000
## 111       R111 34322150      M14     0.1040         0.000        0.0000
## 112       R112 34322150       M4     0.0149         0.000        0.0000
## 113       R113 34322150      M15     0.0136         0.000        0.0000
## 114       R114 34322150      M16     0.0143         0.000        0.0000
## 115       R115 34322150      M17     0.0163         0.000        0.0000
## 116       R116 34322150      M18     0.0163         0.000        0.0000
##          pvalue exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error
## 1     6.260e-11         E4        O5               ID1             NA
## 2     4.380e-35         E5        O5               ID1             NA
## 3     5.500e-03         E2        O1               ID1             NA
## 4    2.500e-100         E2        O2               ID1             NA
## 5     1.320e-02         E4        O5               ID1             NA
## 6     1.480e-05         E5        O5               ID1             NA
## 7     8.180e-07         E4        O5               ID1             NA
## 8     9.330e-18         E5        O5               ID1             NA
## 9     2.000e-03         E2        O7               ID4             NA
## 10    2.500e-05         E2        O6               ID4             NA
## 11   -2.000e-02         E1        O6               ID2             NA
## 12    2.000e-03         E1        O6               ID2             NA
## 13    8.600e-02         E1        O6               ID2             NA
## 14    2.000e-04         E1        O6               ID2             NA
## 15    2.000e-03         E1        O7               ID2             NA
## 16    2.000e-15         E1        O3               ID1             NA
## 17    2.450e-05        E10        O4               ID1             NA
## 18    1.000e-02         E2        O7               ID4             NA
## 19    1.000e-02         E2        O6               ID4             NA
## 20    2.000e-04        E13        O6               ID4             NA
## 21    3.600e-08        E13        O7               ID4             NA
## 22    4.000e-03         E1        O8               ID4         0.4000
## 23    1.000e-03         E1        O6               ID4         0.0310
## 24    6.580e-01         E1        O6               ID4         0.0620
## 25    1.000e-03         E1        O6               ID4         0.0320
## 26    3.250e-01         E1        O6               ID4         0.1540
## 27    1.000e-03         E1        O7               ID4         0.0000
## 28    5.660e-79         E1        O6               ID4         0.0000
## 29    3.200e-02         E3        O6               ID4         0.0000
## 30    2.730e-39         E1        O7               ID4         0.0000
## 31    5.300e-02         E3        O7               ID4         0.0000
## 32    2.400e-01         E2        O7               ID4         0.0000
## 33    6.000e-02         E2        O6               ID4         0.0000
## 34    0.000e+00         E2        O7               ID4         0.0000
## 35    0.000e+00         E2        O6               ID4         0.0000
## 36    8.000e-04         E2        O7               ID4         0.0000
## 37    2.500e-06         E2        O6               ID4         0.0000
## 38    9.300e-01         E2        O7               ID4         0.0000
## 39    5.600e-01         E2        O6               ID4         0.0000
## 40    1.100e-19         E1        O3               ID1         0.0000
## 41    2.500e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 42    2.700e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 43    3.400e-16         E1       O11               ID1         0.0000
## 44    1.500e-03         E6       O11               ID1         0.0000
## 45    9.000e-02         E7       O11               ID1         0.0000
## 46    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 47    1.000e-05         E8        O3               ID1         0.0000
## 48    5.000e-11         E9        O3               ID1         0.0000
## 49    2.000e-11         E1        O3               ID1         0.0000
## 50    6.000e-29        E11        O3               ID1         0.0000
## 51    1.000e-04         E8        O3               ID1         0.0000
## 52    2.000e-07         E9        O3               ID1         0.0000
## 53    0.000e+00         E1       O10               ID1         0.0000
## 54    2.460e-06        E10        O4               ID1         0.0000
## 55    2.000e-07         E1        O3               ID1         0.0000
## 56    2.200e-02         E1        O3               ID1        -0.0300
## 57    2.890e-03         E4        O5               ID1        -0.0500
## 58    8.200e-03         E5        O5               ID1         0.0000
## 59    3.840e-03        E10        O4               ID1         0.0000
## 60    1.000e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 61    2.000e-02        E13        O3               ID1         0.0000
## 62    1.000e-03         E4        O5               ID1         0.0000
## 63    1.020e-10         E4        O5               ID1         0.0000
## 64    1.000e-03         E4        O5               ID1         0.0000
## 65    5.650e-07         E4        O5               ID1         0.0000
## 66   4.230e-158         E1        O6               ID4         0.5070
## 67    9.370e-18        E14        O6               ID4         0.8100
## 68    1.490e-50        E11        O6               ID4         0.7530
## 69    2.170e-87         E1        O7               ID4         0.3850
## 70    1.580e-04        E14        O7               ID4         0.5910
## 71    3.870e-46        E11        O7               ID4         0.5460
## 72    0.000e+00         E1        O6               ID1         0.0000
## 73    0.000e+00         E3        O6               ID1         0.0000
## 74    3.000e-03         E1        O2               ID1         0.0000
## 75    2.900e-02         E1        O1               ID1         0.0000
## 76    1.000e-03         E3        O2               ID1         0.0000
## 77    8.200e-01         E3        O1               ID1         0.0000
## 78    2.740e-01        E11        O2               ID1         0.0000
## 79    7.900e-02        E11        O1               ID1         0.0000
## 80    3.300e-03         E1        O6               ID4         0.0000
## 81    3.300e-02         E1        O7               ID4         0.0000
## 82   -4.000e-02        E15        O3               ID1         0.0000
## 83    1.400e-24        E15        O3               ID1         0.0000
## 84    2.500e-21        E15        O3               ID1         0.0000
## 85    4.500e-24        E15        O3               ID1         0.0000
## 86    8.250e-02         E1        O3               ID5         0.0000
## 87    1.170e-01         E1        O3               ID5         0.0000
## 88    4.200e-22         E1        O7               ID5         0.0000
## 89    6.300e-15         E4        O3               ID1         0.0000
## 90    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 91    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 92    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 93    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 94    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 95    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 96    0.000e+00         E1        O6               ID2         0.0000
## 97    0.000e+00         E1        O7               ID2         0.0000
## 98    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 99    0.000e+00         E1        O3               ID1         0.0000
## 100   0.000e+00         E1        O6               ID4         0.0000
## 101   1.000e-10         E1        O7               ID4         0.0000
## 102   7.500e-01        E15        O6               ID1         0.0000
## 103   1.400e-01        E15        O6               ID1         0.0000
## 104   6.800e-02        E15        O1               ID1         0.0000
## 105   1.900e-04        E15        O6               ID1         0.0000
## 106   4.200e-01        E15        O7               ID1         0.0000
## 107   2.400e-01        E15        O7               ID1         0.0000
## 108   1.200e-03        E15        O7               ID1         0.0000
## 109   1.100e-03        E15        O7               ID1         0.0000
## 110   1.162e-01         E1        O6               ID4         0.0051
## 111   4.200e-03         E1        O6               ID4         0.0036
## 112   1.301e-01         E1        O6               ID4         0.0098
## 113   2.280e-01         E1        O6               ID4         0.0110
## 114   1.330e-01         E1        O6               ID4         0.0091
## 115   2.440e-02         E1        O6               ID4         0.0067
## 116   2.480e-02         E1        O6               ID4         0.0067
##                 strata
## 1                 <NA>
## 2                 <NA>
## 3                 <NA>
## 4                 <NA>
## 5                 <NA>
## 6                 <NA>
## 7                 <NA>
## 8                 <NA>
## 9                 <NA>
## 10                <NA>
## 11                <NA>
## 12                <NA>
## 13                <NA>
## 14                <NA>
## 15                <NA>
## 16                <NA>
## 17                <NA>
## 18                <NA>
## 19                <NA>
## 20                <NA>
## 21                <NA>
## 22                <NA>
## 23                <NA>
## 24                <NA>
## 25                <NA>
## 26                <NA>
## 27                <NA>
## 28                <NA>
## 29                <NA>
## 30                <NA>
## 31                <NA>
## 32               women
## 33               women
## 34                 men
## 35                 men
## 36   less than 55years
## 37  less than 55 years
## 38  more than 55 years
## 39  more than 55 years
## 40                    
## 41                    
## 42                    
## 43                    
## 44                    
## 45                    
## 46                    
## 47                    
## 48                    
## 49                    
## 50                    
## 51                    
## 52                    
## 53                    
## 54                    
## 55                    
## 56                    
## 57                    
## 58                    
## 59                    
## 60                    
## 61                    
## 62                    
## 63                    
## 64                    
## 65                    
## 66                    
## 67                    
## 68                    
## 69                    
## 70                    
## 71                    
## 72                    
## 73                    
## 74                    
## 75                    
## 76                    
## 77                    
## 78                    
## 79                    
## 80                    
## 81                    
## 82             females
## 83               Males
## 84             Females
## 85               Males
## 86            siblings
## 87                    
## 88                    
## 89                    
## 90                    
## 91                    
## 92                    
## 93                    
## 94                    
## 95                    
## 96                    
## 97                    
## 98                    
## 99                    
## 100                   
## 101                   
## 102                   
## 103                   
## 104                   
## 105                   
## 106                   
## 107                   
## 108                   
## 109                   
## 110                   
## 111                   
## 112                   
## 113                   
## 114                   
## 115                   
## 116
#Create an empty and or blank column
dt_or$` ` <- paste(rep(" ", 20),collapse=" ")

#create the confidence interval column

dt_or$`OR (95% CI)` <- sprintf("%.2f (%.2f - %.2f)",dt_or$effectsize,dt_or$lowerinterval,dt_or$upperinterval)
head(dt)
##   results_id     pmid methodid effectsize lowerinterval upperinterval pvalue
## 1        R15 19470880       M5       1.79          0.68          2.90  0.002
## 2        R97 25411050       M5       2.97         -0.08          6.03  0.000
##   exposureid outcomeid effectsizetype_id standard_error strata
## 1         E1        O7               ID2             NA   <NA>
## 2         E1        O7               ID2              0       
##                                                   MD (95% CI)
## 1                                          1.79 (0.68 - 2.90)
## 2                                         2.97 (-0.08 - 6.03)
dt_or <- dt_or %>% 
  filter(effectsizetype_id=="ID1" & outcomeid=="O3") 

#define the theme

tm <- forest_theme(ci_pch = 20,
                   ci_col = "blue",
                   ci_fill = "red",
                   ci_alpha = 1,
                   ci_Theight = 0.3)

p <- forest(dt_or[,c(2,13:14)],
            est = dt_or$effectsize,
            lower = dt_or$lowerinterval,
            upper = dt_or$upperinterval,
            sizes = 0.8,
            ci_column = 2,
            ref_line = 1,
            arrow_lab = c("Decreased risk", "Increased risk"),
            xlim = c(-1,7),
            footnote = "These are \nthe study PMIDs",
            xlab = "Odds Ratio",
            theme = tm)
plot(p)